В 1913/14 учебном году Г.А. Кожевников поручает И.И. Месяцеву руководство курсом микроскопической техники (большим практикумом), и начинающий ассистент справляется с этой задачей блестяще. По окончании этого курса он впервые в истории московских университетских зоологических лабораторий везет своих студентов, среди которых – второкурсники Л.А. Зенкевич, Л.Л. Россолимо, всей группой на Мурманскую биологическую станцию. Круг его научных интересов очень широк: цитология, гистология, эмбриология (брюхоногие моллюски), протозоология (корненожки, инфузории, споровики), изучение останков беспозвоночных животных в озерных донных отложениях, нозематоз пчел (инвазионная болезнь пчелиных семей, вызываемая простейшим ноземой), пресноводный планктон, паразитические копеподы. Научно-популярный характер этой книги не позволяет остановиться на научных пристрастиях И.И. Месяцева в университетский период его деятельности столь детально, как это сделал Л.А. Зенкевич в соавторстве со своей дочерью, Татьяной Львовной Муромцевой, в очерке «Иван Илларионович Месяцев» (Труды Всесоюзного гидробиологического общества. 1955. Т. 6. С. 5–16). В этом же очерке его авторы пишут: «С первых же лет научной и преподавательской деятельности у И.И. Месяцева проявился большой организаторский талант, именно в научно-организационной деятельности нашли выражение все лучшие качества его натуры. Эти качества смогли в полной мере развернуться лишь в условиях советской действительности. И.И. Месяцеву были свойственны кипучая энергия, громадная работоспособность, настойчивость в решении поставленной задачи и большое чувство коллектива. Иван Илларионович всегда привлекал к себе молодежь, умел заряжать ее своим энтузиазмом и заставлять самоотверженно отдаваться работе».
В 1891 году профессор Н.Ю. Зограф (1854–1919) при участии С.А. Зернова организовал под Москвой, на озере Глубоком Рузского уезда, первую в России пресноводную гидробиологическую станцию. Еще в конце XIX века вошли в обычай студенческие экскурсии на Косинские озера к юго-востоку от Москвы. В 1908 году на берегу озера Белого, одного из Косинских озер, Г.А. Кожевников организовал постоянную станцию, для летней практики студентов и научной работы преподавателей университета снималась дача с четырьмя комнатами. С 1915 по 1920 год И.И. Месяцев постоянно работает на Косинской биологической станции, а с 1918 года заведует ею, проведя фундаментальную реконструкцию. На берегу озера Белого был приобретен и отремонтирован большой двухэтажный бревенчатый дом с 12 комнатами. Его украсили очень красивыми резными наличниками, в нем же были оборудованы веранды для практических занятий со студентами.
Сохранились