В ноябре 1916 года была проложена Мурманская железная дорога, что послужило стимулом для развития северо-запада России. Вспомнили и о рыбных богатствах Баренцева моря, еще не изымавшихся траловым промыслом. В 1920 году Н.М. Книпович вошел в состав Ученого совета Северной научно-промысловой экспедиции, но в 1921 году траулер, ранее предоставленный в ее распоряжение, отобрали. Между тем в Архангельске в 1920 году национализировали 13 устаревших военных тральщиков, которые передали Областьрыбе, и это событие служит официальной датой рождения советского тралового флота.
29 июня 1920 года из Архангельска вышел на промысел траулер РТ-30 («Лучинский»), вслед за ним – РТ-39, РТ-37, РТ-28 («Камбала»). Удачливее всех оказался капитан «Камбалы» С.Д. Копытов, добывший у Канинского полуострова 72 тонны рыбы. Отопление на первых траулерах было камельковым, освещение – керосиновым, для бань использовалось машинное отделение. Зато на Архангельской канатно-прядильной фабрике «Канат» изготовили прядено из русской пеньки, не уступавшей иностранной – манильской, и, кроме того, научились вязать и сшивать тралы (первым советским тралмейстером по праву считается Ф.Г. Шамалуев), а капитан Ф.М. Михов организовал сетевязальную мастерскую и создал несколько тралов своей конструкции, а также написал руководства по траловому делу.
Новая государственная организация Главрыба в 1922 году организовала экспедицию на Азовское море, в котором к 1913 году по сравнению с 1893 годом уловы уменьшились более чем в три раза и продолжали падать. Руководство экспедицией принял Н.М. Книпович. Обещанного парохода экспедиция не получила, так что пришлось зафрахтовать парусно-моторную шхуну и оборудовать лабораторию (она же – каюта с двухъярусными нарами) в сыром и мокром трюме. В Таганрогском заливе шхуна чуть было не потерпела бедствие, но вовремя была отбуксирована в Ростов-на-Дону. Для продолжения экспедиции приобрели парусно-моторный бот, но из-за его небольшого размера пришлось ограничить район плавания. Только после личной встречи Н.М. Книповича с В.И. Ульяновым (Лениным) Малый Совнарком РСФСР выделил для экспедиции пароход «Бесстрашный», который после ремонта и укомплектования приборами норвежского производства вышел 10 июля 1923 года из Севастополя в Керчь и совершил два рейса в Азовское море, а затем – большой рейс в Черном. В конце 1923 года и начале 1924-го «Бесстрашный» продолжил свои плавания. Н.М. Книпович тщательно записывал уловы, определял границу бентосной жизни, а микробиолог Б.Л. Исаченко детально зондировал границу сероводорода. За два года «Бесстрашный» совершил 25 рейсов и выполнил более 430 станций, после чего его сменил колесный пароход «Сухум», а в 1926 году работы продолжили на отремонтированной шхуне. Н.М. Книпович опубликовал в Керчи предварительный отчет, в 1938 году вышла его книга «Гидрология морей и солоноватых вод (в применении к промысловому делу)», и это был венец его научной деятельности.
В 1927 году Н.М. Книпович выехал за границу, встречался с многими