Одно из ключевых новшеств Линнея, во многом сделавшее его «отцом-основателем» всей современной систематики, относится к сфере таксономической номенклатуры – совокупности правил присвоения и изменения названий таксонов. Он доводит до завершения идею Ривиниуса (см. 3.4), утверждая, что «именование – второе основание ботаники; произведя расположение [по системе], сразу же должно дать название» (§ 210). Иными словами, таксон без названия – это не таксон. При этом таксономические названия для Линнея наполнены вполне эссенциалистским смыслом: они отнюдь не случайны – они значимы (Leikola, 1987), «если не знаешь названий, то теряешь и познание вещей» (§ 210); «названия… должны быть достоверными, а потому должны даваться естественным родам» (§ 151); «родовые названия, отражающие существенный родовой признак… наилучшие» (§ 240).
Линней довольно детально проработал принципы номенклатуры, сделав их в некоторой степени формальными. Особо значимы принципы обязательности таксономических названий (§ 218), их уникальности (§ 210–216), унитарности родовых и бинарности видовых названий (§ 212, 219, 221, 256), синонимии (§ 217, 244), приоритета (§ 243). В части, касающейся названий, во многом проявляется схоластическая подоплёка линнеевского метода. Так, двойное название вида, в котором имя рода предшествует видовому эпитету, полностью соответствует схоластическому способу определения вида через «род и видовые отличия» (см. 3.2). Поэтому, наверное, неслучайно родовые названия рассмотрены в главе VII «Названия (Nomina)», тогда как видовые – в главе VIII «Отличия (Differentia)». Коль скоро видовое название обозначает видовое отличие в пределах рода, то если род монотипический, оно избыточно: как это обычно принято в «травниках» и многими «методистами» – предшественниками Линнея, «видовое название не следует давать виду, единственному в данном роде» (§ 293). С современной точки зрения это выглядит как некоторая непоследовательность, но с точки зрения схоластического метода всё достаточно естественно.
Номенклатурная часть метода Линнея за несколько десятилетий вытеснила другие способы обозначения таксонов и была закреплена и развита в форме Кодексов, первый из которых, так называемый «Стриклендов», появился в 30-х годах XIX столетия: он назван так в честь его разработчика X. Стрикленда (см. 4.1.2). Судьба же родовидовой схемы и принципа единого основания деления как её ключевой части оказалась иной. Она занимает заметное место в систематике лишь во второй половине XVIII – начале XIX веков, хотя и не в столь формализованном качестве и к тому же остро критикуемая такими сторонниками натуралистической традиции, как Бюффон и его последователи (Канаев, 1966; Бобров, 1970; Stafleu, 1971). В зоологии, например, этой схеме фактически следуют Ж.