Критерий естественности строго применяется в отношении родов, которые не должны дробиться или соединяться «произвольно или согласно чьей-либо теории» (§ 159). Показательно в этой связи, что Линней признаёт монотипические роды именно как роды, а не виды (§ 203), что бессмысленно с точки зрения формальной родовидовой схемы. Линнея заботит и естественность классов (§ 206), тогда как порядки должны выделяться так, чтобы их мог «легко воспринять разум» (§ 161); впрочем, по его мнению обе высшие категории, если «слишком длинные и многочисленные – <то> весьма трудны» для запоминания (§ 207) и должны разделяться. Из этого видно, что виды и роды Линней выводит в значительно мере индуктивно из их «естества», а классы и особенно порядки организует дедуктивно исходя во многом из прагматический соображений. Таким образом, его система на уровне порядков и классов по сути искусственная, не более чем определительный ключ, на что указывают противники Линнея – как его современники (прежде всего М. Адансон), так и более поздние «методисты» (Cain, 1958; Бобров, 1970; Larson, 1971).
Важную часть естественного метода Линнея составляют признаки и названия, которые он во вполне схоластической традиции рассматривает как взаимосвязанные. Здесь более чем где-либо проявляется его университетское схоластическое образование. В общем случае «признак есть определение рода и может быть трояким: искусственным, существенным и естественным» (§ 186). «Признак должен начинаться с родового названия» (§ 195) и «кратко описывать совпадающие особенности» видов (§ 199). «Естественный признак… должен объединять все возможные особенности рода… он включает существенный и искусственный признаки» (§ 189). «Естественный признак вида – описание, существенный признак вида – отличие» (§ 258): из этого видно, что в методе Линнея признаки фигурируют в двух основных качествах – соответственно как definitio и differentia. Первые выявляют и характеризуют сущности видов и родов, вторые позволяют различать виды одного рода и роды одного класса (порядка). В целом же концентрация внимания на признаках указывает на вполне схоластический характер метода Линнея, который классифицирует не столько организмы, сколько их признаки, сущности (Wilkins, 2003; см. 3.1, 3.2).
Понимание сущности организмов у Линнея является аристотелевским, т. е. функциональным (см. 3.1). Соответственно существенные признаки