Применение родовидовой схемы порождает включающую (гнездовую, матрёшечную) иерархию понятий как логических универсалий. К низшему уровню иерархии относятся логические виды, они включают единичные объекты и логически не делятся, но сами являются результатом деления логических родов. Поскольку схема логическая, это означает, что в ней нет фиксированных рангов: одна и та же универсалия может быть промежуточным родом в одной схеме, низшим родом в другой и видом в третьей – в зависимости от того, с чего начинается и на чём заканчивается деление соответствующей иерархии понятий и определяемых ими классов разных уровней общности (Wilkins, 2010). С другой стороны, у этой схемы нет нижнего предела: деление может быть сколь угодно дробным, если это обусловлено потребностью классифицирования и допускает наличное разнообразие вещей. В частности, согласно одному из крупнейших логиков XIX века Дж. Миллю, ничто не мешает называть видами расы человека, коль скоро они чётко различаются (Милль, 1900): данный тезис во второй половине XIX века способствовал развитию кризиса концепции вида (см. 4.1.3).
Важной частью рассматриваемой схемы является методологический принцип единого основания деления – один из ключевых для классификаторов-схоластов. Здесь в качестве основания деления (fundamentum divisiones) выступает та или иная сущность. Этот принцип означает, что использование разных оснований деления запрещено, причём запрет имеет двоякий смысл. С одной стороны, на разных уровнях родовидовой схемы нельзя обращаться к разным сущностям: деление должно идти строго по тому основанию, которое указывает сущность высшего рода. Например, высший род «животные с ногами» нельзя делить на промежуточные роды «животные с хвостами» и «животные с ушами» – можно делить только по свойствам их конечностей. С другой стороны, нельзя одновременно обращаться к тем свойствам, которые дают несовпадающие (логически противоречивые) деления. Например, всё тот же род «животные с ногами» нельзя делить на «двуногих» и на «коротконогих» ввиду их несовпадения, но можно на «двуногих» и «четвероногих» или на «коротконогих» и «длинноногих».
Следует напомнить (см. 3.1), что исходно родовидовая схема является методом дефиниций – последовательно классификации сущностных характеристик вещей, а не их самих (Pellegrin, 1987, 1990; Panchen, 1992; Wilkins, 2010). Это значит, что родовидовая схема – это прежде всего процедура субординации признаков, а не таксонов (Hopwood, 1959). Основная задача состоит не в том, чтобы выделить некоторую группу объектов и указать её место в общей системе других объектов того же рода, а определить род как таковой – т. е. как идею или как существенное свойство некоторой группы объектов, и тем самым отличить этот род-сущность от других родов-сущностей. Иными словами, если это и классифицирование, то скорее свойств объектов (сущностей, признаков), нежели их самих и их групп (таксонов): следовательно, решаемая задача изначально относится к сфере мерономии, а не таксономии (о них см. 6.1.1). Такое понимание классификации