Абсолютное доминирование в зрелой схоластике рационального начала оформилось в доктрину рационализма (лат. ratio – разум), обязывающую в познании полагаться на доводы рассудка и потому ставшую одной из основ науки Нового времени. Эта доктрина исходит из веры в некую «разумность», рациональность естественной упорядоченности Природы и наличия в ней внутренней логики, которой подчинено действие детерминистических законов (онтологическая рациональность), что предполагает её познаваемость средствами разума и логики (эпистемологическая рациональность); обе эти формы рациональности представлены в новейшей систематике (см. 5.5). Античная философия обосновывает рациональную познаваемость, полагая изоморфизм познаваемой Природы и познающего сознания (Ахутин, 1988); точнее – изоморфизм движений Природы и движений сознания, из коих эти вторые движения составляют метод познания. Современный классический рационализм (Декарт, Лейбниц и др.) исходит из противоположного: проецирует разумность человека на Природу, что позволяет считать разум как источник, а разумность – как критерий истинности научного знания. В таком качестве разум противостоит не только слепой вере в Книгу откровения, но и опыту и чувствам как декларируемым эмпириками-сенсуалистами способам прочтения Книги природы (Гайденко, Смирнов, 1989; Гайденко, 2003; см. 4.1).
Отсюда вытекает нацеленность и схоластики, и выросшей из неё рациональной науки Нового времени на поиск всеобщего Метода (именно так, с заглавной буквы) как особой системы, «органона» – рационального способа организации познавательной деятельности. Поэтому неудивительно, что ранняя систематика отождествляет Систему с Методом, видя в ней способ не только представления, но и поиска естественного порядка вещей, причём «истинный» метод единственный, так же как единственна Система, к которой он ведёт. Так, один из представителей эмпирического рационализма в систематике XVIII века М. Адансон полагает, что Природа и метод тесно связаны, благодаря чему метод служит «мостиком» между Природой и исследователем (см. 4.1.1). Новейшим отголоском этой убеждённости является, например, разработка метода общей типологии как универсального инструмента научного познания разнообразия всего сущего и мыслимого (Любарский, 1996а; Раутиан, 2001, 2003). Нацеленность на метод как таковой порождает такой эпистемологический феномен как инструментализм, замыкающий метод познания сам на себя и лишающий знание эмпирических критериев истинности, а тем самым и научности; в новейшей систематике он является «родовой болезнью» многих количественных подходов (Rieppel, 2007а; см. 5.3).
Порождением рационализма является вышеупомянутая (см. 3.1) родовидовая схема деления понятий, которая составляет методологическую основу классификационной деятельности в ранней, а отчасти и зрелой систематике; её нередко