Как видно, неклассическое понимание систематики влечёт за собой и неклассическое понимание её истории. Последнее означает, что способы определения задач и принципов, предметной области и методов систематики не являются раз и навсегда заданными: они формулируются конкретным научным сообществом и меняются по мере развития и самого сообщества, и производимого им таксономического знания. Ни один из этих способов не может считаться «лучше» или «хуже» другого: точнее, эти способы можно расположить вдоль некоторого градиента научной состоятельности, но сам этот градиент не есть некая абсолютная неизменная данность, он формируется всё тем же научным сообществом в некотором локальном (социально и исторически обусловленном) контексте.
Говоря о развитии теоретической систематики, чаще всего имеют в виду сменяющие одна другую классификационные доктрины (концепции) и школы (Майр, 1971; Hull, 1988; Quicke, 1993). Однако столь же значимы в этом развитии традиции таксономической мысли. Они в истории систематики играют инерционную, связующую роль, обеспечивая преемственность её развития: несколько утрируя, можно считать, что систематика из века в век обсуждает одни и те же фундаментальные проблемы, решает одни и те же задачи общего порядка, используя для этого разные средства, предлагаемые развитием естествознания в целом и самой систематикой в частности. Прежде всего, указанная преемственность обеспечивается достаточно устойчивыми картинами мира, составляющими онтологическую основу разных исследовательских программ. Так, холистическая организмическая онтология впервые возникла в античное время, в Новое время составила основу немецкой (океновской) натурфилософии (см. 3.7.3), из неё проникла в классическую филогенетику (см. 4.3.5), некоторые её элементы просматриваются в новейших идеях о построении всеобщего «дерева жизни». Противоположная ей редукционная концепция систематики, оформленная в схоластике как номинализм (см. 3.2), едина как для натурфилософской системы сторонников идеи Лестницы совершенствования второй половины XVIII столетия (см. 3.6.2), так и для современной фенетики (см. 5.2.2.2) и частью популяционной систематики (см. 4.3.7). Внешним более чем очевидным проявлением такого рода преемственности служить устойчивость понятийного аппарата и частью методологии. Понятия таксона, гомологии, признака, сходства и т. п., общие принципы классифицирования как одной из форм сравнительного