Основная задача (мета)таксономии – формирование так называемой таксономической парадигмы. Под последней можно понимать совокупность утверждений самого общего порядка о предмете, задачах и принципах таксономических исследований в биологии. Среди обсуждаемых (мета)таксономией проблем – структура познавательной ситуации, в которой действует систематика (см. 6.1.1), онтологический статус объекта её исследования (объективный или субъективный характер групп организмов и их иерархии), гносеологический статус классификации («нарратив», закон или гипотеза), основные схемы аргументации (дедуктивная, индуктивная, гипотетико-дедуктивная и т. п.), соотношение между формально-логическими и содержательными основаниями классифицирования в биологии.
Очевидно, что на разных этапах развития систематики задачи, решаемые таксономией, в той или иной степени меняются. Векторы этих изменений задаются на уровне как онтологии (например, разработка эволюционной доктрины в XIX веке), так и эпистемологии (например, переход от позитивизма к постпозитивизму в XX веке). Изменения взглядов на природу и принципы научного познания могут затрагивать самые разные сферы таксономии – от рассмотрения логических оснований классифицирования (например, соотношение между разными логиками, см. 3.2) до методологического обеспечения конкретных классификационных техник (например, состоятельность методов численной систематики, см. 5.3).
Для теоретической систематики (таксономии) особо значима проблема зависимости классификационной деятельности и её результатов от исходных теорий формального или содержательного толка (см. 6.1.1). Схоластическая традиция подразумевает примат первых, естественно-научная – примат вторых. Но отказ систематики от строгой силлогистики отнюдь не означает произвол в процедурах классифицирования. Вместо схоластического единого основания деления, воплощённого в конкретном признаке (группе признаков), вводится естественно-научный единый принцип классифицирования: он обязывает при выделении таксонов полагаться на некую руководящую идею, единую для всей классификации (см. 6.1.2). Эта идея задаёт не только общий смысл классификационной деятельности, но и служит основой для выбора классификационных алгоритмов, признаков, критериев состоятельности классификаций и т. п. В онтологически ориентированной систематике таковой может быть, например, эволюционная идея, натурфилософская идея Природы-сверхорганизма и т. п. В противовес этому, систематика позитивистского толка отвергает указанную зависимость,