Вони мали можливість отримати спеціальні права, пов’язані з королівською службою. Але існувала й інша група – запорозькі козаки. Вони мали власне укріплене поселення – Січ (за назвою захисного дерев’яного частоколу – з січеного дерева) на островах за порогами. Вони були поза досяжністю королівських урядників, створювали постійні проблеми із кримськими татарами, а в буремні часи до них, мов до магніту, тягнулися невдоволені мешканці міст і сіл, які тікали до степу.
Наливайко, який за наказом Острозького впорався з козацьким бунтом, осередком якого були селяни-втікачі, незабаром опинився в непростому альянсі з непокірними запорожцями. На 1596 рік він уже не був на службі в Острозького, а діяв на власний розсуд, очоливши повстання більше, ніж те, що підняв Косинський. Початок 1590-х років був позначений кількарічними неврожаями, що призвели до голоду. Загроза голодної смерті виштовхнула багато селян зі шляхетських маєтків до козацьких лав. Цього разу для придушення повстання виявилося недостатньо князівських дружин: було викликано королівську армію. У травні 1596 року польське військо оточило козацький табір на лівому березі Дніпра. «Старі», або «городові», козаки повстали проти «нових», або січових, і видали Наливайка полякам в обмін на амністію. Колишній князівський слуга, який став козацьким повстанцем, був страчений у Варшаві й перетворився на мученика за козацькі свободи та православну віру в очах козацьких літописців і поетів епохи романтизму, у тому числі російського поета Кіндрата Рилєєва, страченого 1825 року за повстання проти царської влади.
Наприкінці XVI століття козаки ввійшли до зовнішньополітичних розрахунків не лише Речі Посполитої та Османської імперії, а й правителів Центральної та Східної Європи. 1594 року запорозьких козаків відвідав Еріх Лясота, посол імператора Священної Римської імперії Рудольфа ІІ, який запропонував їм виступити на боці свого господаря у війні проти турків. За три роки після цього зі схожою місією до запорожців завітав Алессандро Комулео (хорват Aleksandar Komulovic), представник папи римського. Із цих місій мало що вийшло, окрім листів Комулео та щоденника Лясоти, які описували демократичні порядки, що панували на Січі, та збагатили наші знання про ранню історію козацтва. Але козаки, яких уже знали у Відні та Римі, невдовзі звернуть на себе увагу в Парижі та Лондоні та становитимуть серйозну загрозу для Москви.
Українські козаки, які почали свою міжнародну кар’єру в 1550-х роках на службі в московського царя Івана Грозного, зробили непроханий візит до Москви на початку XVIІ століття. Тоді в Московії був безлад та громадянська війна через політичну, економічну