После этого бунтовщики назначили прапорщика Алексеева командиром броненосца, кондуктора Мурзака – старшим офицером, кондуктора Шопоренко – артиллерийским офицером, квартирмейстеров Волгина и Коровенского – вахтенными начальниками.
Все, происшедшее на «Потемкине», заметил вахтенный стоявшего у «Потемкина» за кормой миноносца. Он немедленно доложил командиру Клодту, что на броненосце происходит бунт. Выйдя наверх и убедившись в правильности доклада, лейтенант Клодт решил сняться с якоря и уйти от броненосца. Но выбрать якорь не удалось: по миноносцу стали стрелять с броненосца из винтовок, а потом из 47—75-мм орудии. Лейтенант Клодт, не желая подвергать миноносец обстрелу, отправился на броненосец. Здесь он увидел новоиспеченного командира Алексеева и толпу матросов, которые предложили ему исполнять обязанности старшего офицера. Клодт решительно отказался. Тогда с него сорвали погоны и связали. В версии советских историков эти события были представлены по-иному: якобы команда миноносца примкнула к бунтовщикам. На самом деле миноносец был попросту захвачен и действовал под прицелом направленных на него орудий броненосца.
Отобедав борщом из того же самого якобы червивого мяса и отмыв палубу от крови, главари бунта решили идти в Одессу для пополнения запасов угля и провизии. На этом переходе мятежники выбрали из своей среды комиссию, которая должна была управлять всеми судовыми делами и распоряжаться судовой кассой, в которой оказалось 21 391 р. 50 1/2 копейки казенных денег и 683 р. 87 коп., принадлежавших Харкевичу, прикомандированному к броненосцу на время артиллерийских испытаний.
Вечером 14 июня броненосец в сопровождении миноносца пришел в Одессу и стал на внешнем рейде. На другой день в 6 часов утра вооруженная команда свезла на берег труп Вакуленчука. Он лежал на Новом молу с запиской на груди. «Г.г. одесситы, перед вами лежит труп зверски убитого старшим офицером