Способности В. Б. Лопухина оценили и преемники В. К. Плеве на посту государственного секретаря – В. Н. Коковцов и особенно барон Ю. А. Икскуль фон Гильденбандт. Так, 1 января 1905 г. В. Б. Лопухин получил чин коллежского советника, со старшинством с 10 июня 1904 г., а 9 апреля 1905 г. ему поручили принять участие в обеспечении делопроизводства Особого совещания под председательством И. Л. Горемыкина о мерах к укреплению крестьянского землевладения. 8 ноября 1905 г. В. Б. Лопухин был назначен старшим делопроизводителем Государственной канцелярии. Казалось, что именно в канцелярии он наконец-таки закончит свои скитания по разным министерствам, тем более что здесь его труд и оплачивался сравнительно высоко. Как делопроизводитель, В. Б. Лопухин имел 1200 рублей жалованья, 1000 столовых и 600 квартирных, т. е. почти 3000 рублей в год. Кроме того, в награду он получал и разовые выплаты: в 1902 г. – 200, в 1903 – 275, в 1904 – 250, в 1905 – 250 рублей.
Новый зигзаг карьеры В. Б. Лопухина косвенно был обусловлен реформированием государственного строя Российской империи, которое происходило в 1905–1906 гг. и закончилось изданием Основных законов 1906 г. и открытием в апреле этого года I Думы. В. Б. Лопухин воспринял все эти преобразования положительно, что предопределила фамильная традиции Лопухиных. «Нигилистов и вольнодумцев между моими дядями Лопухиными не было, – вспоминал Е. Н. Трубецкой, описывая в т. ч. и отца В. Б. Лопухина, – но характерно, что, в отличие от дядей Трубецких, которые все начинали свою службу в гвардии, мои дяди Лопухины все были судебными деятелями, притом либеральными: мягкая душа и гибкий ум Лопухиных сразу восприняли облик “эпохи великих реформ”. Благодаря этому вся атмосфера, в которой мы выросли, была пропитана тогдашним либерализмом особого, судебного типа»[23]. С Е. Н. Трубецким полностью соглашался его сын С. Е. Трубецкой, двоюродный племянник В. Б. Лопухина.
С. Е. Трубецкой, упоминая про данную отцом «талантливую характеристику двух “стилей” – трубецковского и лопухинского, сочетавшихся и боровшихся в их семье», писал: «Сам Папа был более проникнут либеральным стилем лопухинской семьи, и в нашей собственной семье этот стиль чувствовался сильнее, чем стиль старотрубецковский»[24]. Понятно, что если лопухинский либерализм оказывал влияние даже вне семьи Лопухиных, то ее представители, в т. ч. и Владимир Борисович, разделяли либеральные взгляды не за страх, а за совесть. Как либеральный бюрократ