Еще более показательно, что двоюродный дядя В. Б. Лопухина, товарищ министра иностранных дел князь В. С. Оболенский-Нелединский-Мелецкий, т. е. второй человек в Дипломатическом ведомстве, устранился от оказания протекции своему родственнику. «Против назначения Лопухина, – сказал он Н. А. Малевскому, – я возражать не буду. Но предупредите его, чтобы он не мечтал о дипломатической карьере. Для нее нужны личные средства, каковых у Лопухина, я знаю, нет. Ни о канцелярии, ни о посольствах и миссиях пусть не мечтает». Из этого случая В. Б. Лопухин делал справедливый вывод о том, что «в некоторых, достаточно многих случаях ‹…› не было в то время места для той бесшабашной протекции, о которой принято говорить». В данном случае В. Б. Лопухин имел в виду непотизм, а не протекцию как таковую. Не менее резонным является и другой вывод мемуариста – что «без денег в те времена по дипломатической службе ни-ни; это уже во всех случаях» (с. 73).
Пребывая в центральном аппарате МИД, В. Б. Лопухин 12 ноября 1898 г. за выслугу лет получил чин коллежского асессора, со старшинством с 10 июня этого года. Главным и, по сути дела, единственным служебным занятием В. Б. Лопухина стало составление «Сборника консульских донесений». Очередная кадровая метаморфоза настигла Лопухина менее чем через четыре года после его появления в МИД. Перспективы, открывавшиеся в дипломатическом ведомстве, показались ему узкими (действительно, в лучшем случае он мог рассчитывать стать консулом в какой-нибудь небольшой стране), а потому 27 февраля 1902 г. В. Б. Лопухин перевелся в Государственную канцелярию, причем это произошло по протекции ее руководителя, государственного секретаря В. К. Плеве. В Государственной канцелярии, обеспечивавшей делопроизводство Государственного совета и кодификацию, В. Б. Лопухин занял должность делопроизводителя 7 класса Отделения промышленности, наук и торговли. В 1903–1904 гг. этим отделением управлял статс-секретарь Государственного совета Н. Н. Покровский, который именно тогда сблизился со своим подчиненным.
В 1902 г. произошли изменения и в личной жизни мемуариста, ранее состоявшего в браке с Марией Дмитриевной, урожденной княжной Урусовой. Брак этот, однако, оказался неудачным и определением Синода 11/18 июля 1902 г. был расторгнут: бывшей супруге разрешили вступить