В течение 5 лет интересы БДУМ и ЦДУМ не пересекались, однако в 1922 году в преддверии II Всероссийского съезда мусульманского духовенства (I съезд прошел в сентябре 1920 года и особых последствий для жизни мусульман не имел) БДУМ попыталось распространить свое влияние на всю Башкирскую АССР (ранее оно действовало только в границах т. н. Малой Башкирии). 10 июня 1923 года – одновременно со II Всероссийским съездом мусульманского духовенства – открылся «духовный съезд представителей населения Башкирии», который принял решение о создании Башкирского центрального духовного управления (ЦДУМ БАССР), ставшего преемником практически бездействовавшего БДУМ. Открытую поддержку этому съезду оказали власти Башкирской АССР, особенно – НКВД БАССР44.
Главным же событием II Всероссийского съезда мусульманского духовенства, проведенного 10–21 июня 1923 года в Уфе, стало избрание нового муфтия ЦДУМ вместо умершего Галимджана Баруди. Преемником Баруди стал авторитетный богослов Ризаэтдин Фахреддин (Фахреддинов). Кроме того, съезд утвердил новый устав ЦДУМ., который учитывал те серьезные изменения, которые произошли в жизни российских мусульман с 1917 года45.
III Всероссийский съезд мусульманского духовенства, прошедший 6—10 октября 1926 года в Уфе, был посвящен в основном вопросам внешней политики российской уммы. На этом съезде наиболее ярко проявилось соперничество между ЦДУМ РСФСР и ЦДУМ БАССР, искусственно подогреваемое органами советской власти46.
1927 год стал годом начала решительной борьбы против ислама: повсеместно были закрыты медресе, коренным образом изменены школьные программы (в их основу был положен принцип атеистического воспитания детей), начали уничтожаться мечети как рассадники «религиозных пережитков прошлого». К 1930 году было закрыто 87 % мухтасибатов, более 70 % мечетей, от 90 до 97 % мулл и муэдзинов лишены возможности осуществлять свою деятельность. Советская власть прилагала все усилия, чтобы ослабить мусульманские структуры, и сознательно разжигала конфликт между ЦДУМ РСФСР и ЦДУМ БАССР. Однако даже перед лицом общей опасности эти управления не смогли забыть свою вражду и менее чем за десять лет пришли в полный упадок. В 1936 году ЦДУМ БАССР прекратило свое существование, и только Великая Отечественная война спасла от полного исчезновения ЦДУМ РСФСР47.
25 октября 1948 года в Уфе открылся IV Всероссийский съезд мусульманского духовенства,