15 августа 1905 года в Нижнем Новгороде на пароходе «Густав Струве» тайно прошел I Всероссийский мусульманский съезд, в котором приняло участие около 120 человек. По итогам съезда был одобрен царский манифест от 6 августа о созыве Думы и принято решение о создании общероссийской организации мусульман. II Всероссийский мусульманский съезд также тайно состоялся в январе 1906 года в Санкт-Петербурге. На нем были приняты решения о создании политической партии «Иттифак-аль-муслимин» и поддержке кадетов на выборах в I Государственную Думу. Ключевым положением платформы «Иттифака» стало требование о предоставлении мусульманским народам России права на самоопределение38. И после 1917 года они получили это право, что привело исламское сообщество к немедленному организационному коллапсу, последствия которого дают о себе знать до сих пор.
В августе 1906 года в Нижнем Новгороде уже вполне легально прошел III Всероссийский мусульманский съезд. В числе прочих документов он принял проект общего управления мусульман России из 13 пунктов. Так, муфтиев предполагалось переименовать в шейх-уль-исламов, а во главе их поставить раис-уль-улема, который бы имел право личного доклада императору о нуждах мусульман. При этом предполагалось также ввести пост шейх-уль-ислама для Туркестана и Семиреченской области и образовать там отдельное духовное правление. Последняя инициатива была воплощена в жизнь уже при советской власти, которая в 1944 году инициировала создание ДУМ Средней Азии и Казахстана39.
3 декабря 1913 года 39 членов Государственной Думы внесли законодательное предложение об учреждении особого духовного управления для мусульман Северного Кавказа «по образцу Закавказского муфтията». Совет министров, приняв во внимание заключение министра внутренних дел, «нашел означенное предложение неприемлемым, как затрагивающего лишь часть поставленного уже Министерством внутренних дел на очередь общего вопроса об упорядочении высшего управления делами магометан в тех местностях Империи, где такового управления не имеется»40. В итоге Северокавказский муфтият был создан только в 1944 году.
Октябрьский переворот 1917 года и события, последовавшие за ним, в корне изменили положение исламского сообщества страны. Первое десятилетие существования Советской России, а затем Советского Союза не сопровождалось серьезными притеснениями мусульман, и даже способствовало бурному росту политической активности в мусульманской среде.
Уже в апреле 1917 года в Уфе прошел губернский съезд мусульман, главной целью которого стала подготовка к I Всероссийскому съезду мусульман. На этом съезде, открытие которого состоялось 1 мая 1917 года, было выдвинуто требование об автономии