Полное религиозное невежество Джохара Дудаева вкупе с навязчивым желанием поставить ислам на службу своим сомнительным интересам оттолкнуло от него большую часть духовенства. Впрочем, это не смутило генерала, и вскоре его сторонники решили возникшую проблему, создав пропрезидентский Высший исламский совет Чеченской Республики (позже известный как Духовный центр мусульман Чеченской Республики)74. Подобной административной реформе чеченского ислама весьма способствовало отсутствие у него признанного лидера – созданное в 1989 году ДУМ Чечено-Ингушской Республики приостановило свою деятельность в связи с разделом этого региона, а отдельный чеченский муфтият еще находился в процессе формирования.
Открытое вмешательство Дудаева во внутрисламские дела сплотило оппозиционных ему имамов, и уже 14 октября 1991 года Совет имамов Чеченской Республики образовал независимое ДУМ Чеченской Республики (ДУМ ЧР), муфтием которого был избран авторитетный богослов Магомед-Башир Арсанукаев. В ответ на это сторонники Дудаева создали альтернативный ДУМ ЧР Исламский центр Чечни, в который вошли продудаевские представители духовенства. В республике начался затяжной конфликт двух исламских центров, который по прошествии 10 лет выглядит героической попыткой традиционных мусульман Чечни противостоять радикализации ее уммы75.
Борьба традиционных и продудаевских мусульман в Чечне развивалась на фоне роста междутейповых противоречий и нарастающего соперничества между двумя ведущими тарикатами республики – кадирийей и накшбандийей. К лету 1992 года Исламский центр Чечни в союзе с новообразованной организаций «Мехк Кхел» (Советом старейшин) решил покончить с муфтиятом и 4 июля 1992 года на созванном для такого случая съезде мусульман объявил о его роспуске. В свою очередь, руководители ДУМ ЧР незамедлительно объявили решения съезда незаконными и 6 августа 1992 года провели альтернативный съезд исламского духовенства. Этот съезд поддержал муфтия Магомеда-Башира Арсунукаева и объявил о расформировании Исламского центра Чеченской Республики, а также всех ««исламских» политических партий и групп». Баланс сил в религиозной сфере временно восстановился, хотя противостояние ДУМ ЧР и Исламского центра Чеченской Республики