Қытайдың өзінде Құбылайдың билік уақыты тыныштық және тәртіппен ерекшеленді. Атақты Еуропа саяхатшысы Марко Поло тіпті ол жөнінде тамаша билеуші деп айтады. Қытайлықтар оны одан кейінгі таққа келгендерден ерекше «Аспан Ұлы» деп атаған. Құбылай хан конфуциандыққа жақындық білдіргенімен, негізінен алғанда қытайлық болған жоқ, сонымен қатар қытай тілін де білмегенге ұқсайды. Оған өзінің жауынгерлері мен әскербасшыларына сенім артуға тура келді. Азаматтық қызмет орындарына ол бұрынғысынша моңғолдарды, ұйғырларды, мұсылмандарды, тіпті, еуропалықтарды сайлап отырды.
Оның билігінің соңында Қытай тұрғындары дәрежелеріне қарай төрт санатқа бөлінді: бірінші моңғолдар, екіншісі сэмужэнь және басқа шетел-шенеуніктер, үшінші хань-жэнь немесе солтүстік қытайлықтар, соңғылары нань-жэнь немесе оңтүстік қытайлықтар.
1271 жылы Юань династиясының орнағаны ресми түрде жарияланған соң, Құбылай хан Яо Шу құрастырған «мемелекеттік тәртіп» деп аталатын жаңа тәртіп орнатты. Осы уақытта Лю Бинчжун және Ху Хэн де орталықтанған әкімшілік реформа жүргізеді. Бұл реформа бойыша жоғарғы сот, әкімшілігі өзгерген барлық жаңа он провинцияда болатын болды. Мұндай жүйе ханға бағынатын барлық құрылымдарға тарады. Сонымен қатар провинциялармен бір қатарда Оңтүстік Моңғолия, Оңтүстік Манчжурия, Корея және Юнань (Дали патшалығының орнында) жүрді. Әскерді екі топқа бөлді: «сувэй», бұған ең мықты моңғол әскері және сарай мен провинция орталықтарының шетел сақшылары кірді және «чэньшу» моңғолдардың басқаруымен құрылған провинциялар мен шекаралардың әскерлері. Әдетте, моңғолдарды тұрақты әскерге алмады, бірақ көбін жалдамалы әскерге жасақтады, тағы басқалары қандай да бір себептермен әскерде қызмет етуге мәжбүр болды.
Ресми құжаттар, теңгелер мен жазуларға Құбылай тибеттік лама Пхагспа құраған ерекше әліпби енгізді. Бұл жаңа жазу дәстүрлі қытай және ұйғыр жазуларын ығыстыра алмады, сондықтан Құбылайдың өлімінен кейін қолданыстан шығып кетті. Жоғарғы шенеуніктер міндетті түрде алдымен моңғол тілінде сөйледі, ал сэмужэнь, сонымен қоса парсы және түркі тілдерінде сөйлейтін. Марко Поло мысалға, осы үш тілді де пайдаланған болу керек, ал қытай тілінде мүлдем сөйлемеген көрінеді.
Дінге келетін болсақ, онда даосизм, буддизм, исламның, христиандық пен конфуцияндықтың ерекше министрліктері тағайындалды. Бастапқы моңғолдық шаманизм, Тибет пен Кашмирдің магиялық дәстүрлері ауланың аумағында ғана қалды. Құбылайдың өзі буддизмді жақын тартқаны байқалады, сондықтан да ламаларға Тибетті билеуге берген көрінеді.
Азия арқылы құрғақ жолдағы