Отношения с «красным студенчеством» явно не складывались, но впереди профессора ждал очередной, почти головокружительный карьерный взлет, которому предшествовало его зачисление с 1 октября 1925 г. на должность научного сотрудника по физико-математическим дисциплинам в научный отдел Главного управления научными, музейными и научно-художественными учреждениями Наркомата просвещения РСФСР (в заполненной тогда же анкете Костицын сообщал, что работает в Московском университете «в качестве действительного члена и члена коллегии Института математики и механики, в Государственном геофизическом институте – в качестве вице-директора» и «в Государственном астрофизическом институте – членом президиума»). А уже 7 января 1926 г. коллегия Наркомпроса утвердила Костицына заведующим научным отделом Главнауки.[27] По сути, на него возлагалось руководство всеми научными организациями РСФСР, а в подчинении Главнауки находились тогда 76 институтов и академий, 61 учреждение исследовательского характера, 10 научно-академических библиотек и Государственная центральная книжная палата. Одновременно Костицын был введен в редколлегию журнала «Научный работник» (являвшегося органом центрального совета секции научных работников Союза работников просвещения СССР), в состав которой входили также В. П. Волгин, П. П. Лазарев, С. Ф. Ольденбург, М. Н. Покровский, О. Ю. Шмидт и другие.
Но этим продвижение по административной лестнице не ограничилось, и 16 сентября 1926 г. правление 1-го МГУ рассмотрело представление деканата физико-математического факультета «об объединении Геофизического института с Метеорологической обсерваторией под общим названием Геофизического института и о назначении заведующим таковым профессора В. А. Костицына».[28] Помимо этого он уже являлся директором, председателем правления и ученого совета Государственного научно-исследовательского геофизического института (ГНИГИ), включавшего три обсерватории – метеорологическую в Москве и аэрологическую и геофизическую в Кучине, а также отдел по разработке «вопросов теоретической геофизики и прикладной математики в ее геофизических приложениях», которым сам и заведовал.[29] А 29 сентября Костицына избрали председателем бюро предметной комиссии по кафедре геофизики 1-го МГУ, вследствие чего он выбыл из математической предметной комиссии, в которой как «представитель уклона прикладной математики» был заменен с 8 декабря Лузиным.[30]
Тем не менее на 1926–27 учебный год Костицыну еще поручили