Во главе III Отделения был поставлен генерал-адъютант Александр Христофорович Бенкендорф, однако решения по всем сколько-нибудь значительным делам принимал лично император Николай I. Он и создал-то эту организацию именно для того, чтобы она состояла непосредственно при его особе, была «устроена по собственной мысли Его Величества, развита по его личным указаниям» (цитата из «Обзора деятельности III Отделения за 25 лет с 1826 по 1850 год»). В этом заключалось ее главное отличие от прямой предшественницы – Особенной канцелярии, которая была учреждена в 1811 году в составе Министерства полиции, а с 1819 года, когда это министерство присоединили к Министерству внутренних дел, действовала в его составе и также занималась, среди прочего, делами об иностранцах; преемственность подчеркивалась тем, что управляющим III Отделением стал М. Я. фон Фок, в прошлом правитель Особенной канцелярии. В III Отделении по отдельным делам составлялись так называемые «всеподданнейшие доклады», в которых Бенкендорф (фактически же – подчиненные ему чиновники) излагал суть дела, а император накладывал резолюцию (позже мы не раз встретимся с этими высочайшими вердиктами, от которых зависела судьба приехавших в Россию французов). Бенкендорф обладал правом (высоко ценившимся в придворном мире) устного еженедельного доклада императору. В «Обзоре деятельности III Отделения за 25 лет» подчеркивалось, что когда в 1844 году после смерти первого главноначальствующего, графа Бенкендорфа, его сменил второй, граф Алексей Федорович Орлов, он «с самого начала увидел, что граф Бенкендорф обо всем доводил до сведения Его Величества, руководствовался только теми правилами, которые от монаршей воли, и вообще действовал по собственным его мыслям и указаниям». Правда, из подсчетов финского исследователя П. Мустонена следует, что император лично просматривал всего один процент поступающих в его канцелярию бумаг. И это не удивительно, если учесть их количество и тематический разброс (от «девицы Шегрен, в которой замечено развитие меланхолии» до «подполковника Бреверна, рассказывающего, что на Святой неделе под качелями могут быть неприятные события», от «безымянного доноса о причинах вреда: от соленой рыбы-белуги и от грибов-сморчков» до «просьбы жены полковника князя Андроникова о покровительстве мужу ее, невинно оклеветанному в похищении из реки Пеша уроненного в оную почтальоном денежного чемодана» и дела о «негре Белеле, ложно назвавшемся подпоручиком Петром Перловым»). Однако дела, связанные с подозрительными иностранцами, удостаивались высочайших резолюций довольно часто.
В мемуарах и исторических преданиях III Отделение предстает организацией чрезвычайно могущественной, и роль его в функционировании государственного механизма Российской империи была в самом деле очень велика, однако штат – на удивление мал. В пору своего создания III Отделение насчитывало всего 16 человек (вместе с четырьмя чиновниками особых