Первые итоги международной торговли оказались крайне неудовлетворительными для Японии. В частности, в то время в стране обращались одновременно и золотые, и серебряные монеты. Причем цена серебра по отношению к золоту была примерно в 3,45 раза выше, чем за рубежом. Иностранные торговцы начали ввозить серебро и скупать золото, получая при этом более чем трехкратную прибыль. Правительство бакуфу перечеканило сначала серебряные, а затем и золотые монеты. В результате национальный и международный курсы драгоценных металлов удалось уравнять, но при этом с 1860 по 1866 г. внутренние цены в Японии увеличились примерно в 4 раза.
В 1858 г. последний сёгун династии Токугава скончался, не оставив наследника. В условиях политической нестабильности открытие портов для внешней торговли привело к нападениям на иностранцев. В ответ в 1863 г. британский флот обстрелял порт Кагосима (юг о. Кюсю, княжество Сацума), а затем разрушил береговые укрепления в Тёсю (западная оконечность о. Хонсю). Великобритания и другие страны использовали задержки в реализации договоров 1858 г. как мотив для дальнейших военных угроз. В 1865 г. было принято решение потребовать ратификации не от нестабильного бакуфу, а от самого императора Японии. Объединенная флотилия военных кораблей вошла в порт Хёго (Кобэ) и буквально под прицелом пушек добилась от канцелярии императора немедленной ратификации договоров. Тем временем сфера влияния бакуфу стремительно сокращалась. 3 января 1868 года армии нескольких провинций из юго-западных районов Японии заняли город Киото (резиденцию императора) и провозгласили прямое правление 15-летнего императора Муцухито. Тем самым была восстановлена (реставрирована) форма государственного управления, существовавшего в древней Японии до VII в. н. э. Фактически новое правительство представляло собой олигархию, т. е. власть нескольких влиятельных фигур, преимущественно из кланов Сацума и Тёсю, инициировавших реставрацию. Эпоха правления императора Муцухито продолжалась до 1912 г. и после его смерти получила название периода Мэйдзи, или «просвещенного правления».
В первые годы своего существования новое правительство, или дад-зёкан, разрешило даймё продолжить практику взимания рисовых налогов. С целью финансирования расходов стали выпускать собственные бумажные деньги. Через три года начались серьезные экономические реформы. В 1871 г. были ликвидированы прежние феодальные княжества хан и заменены на префектуры кэн.