Судьба Мендельсона в чем-то похожа на судьбу короля. Свои идеи он изложил на бумаге, живя при просвещенном короле, в созданном им государстве толерантности. Он стремился к тому, чтобы евреи стали интегральной частью прусского общества, оставаясь при этом в рамках иудаизма. По его убеждению, девизом государства должна быть веротерпимость, свобода совести и мысли, а различие веры не должно служить препятствием к использованию гражданских прав. Он холодно встретил „Toleranzedikt” австрийского императора Иосифа II и распоряжение об учреждении еврейских школ (Normalschulen). Он писал Гомбергу: «Благодарю покорно за такую толерантность „wenn man dabei noch immer an Glaubensvereinigung arbeitet”. О терпимости… я вовсе не такого лестного мнения, как вы. Пока из-за кулис выглядывают замаскированные ассимиляционные цели (Vereinigungssystem im Hinterhalte lauert), я считаю подобную лицемерную игру в толерантность гораздо более опасной, чем открытое преследование…» В исторической перспективе он оказался безусловно прав: тотальная ассимиляция немецких евреев привела лишь к озлоблению, появлению человеконенавистнических расовых доктрин и в конечном итоге – к Холокосту…
Положение кардинально изменилось сразу после его смерти – революция, бесконечные войны, наполеоновская экспансия, индустриальная революция и новые радикальные доктрины о социальных переменах. Все это привело к тому, что евреи Европы неверно интерпретировали его идеи. Например, из всех его внуков один только Александр остался евреем, соблюдающим еврейские традиции. Все остальные перешли в христианство. Самый знаменитый его потомок, немецкий композитор, автор «Свадебного марша» Феликс Мендельсон, стал лютеранином и сменил фамилию на Бартольди.
Моше Мендельсона стали именовать отцом реформизма и могильщиком традиционного иудаизма. Он хотел положить конец предрассудкам и антагонизму, а получилось, что он лишь подлил масла в огонь, его идеи вызвали раскол в еврейской среде и породили еще больший антагонизм по отношению к евреям со стороны немцев. Великий немецкий композитор Рихард Вагнер, например, видел опасность для Германии именно в том, что евреи ставили своей целью влиться в немецкую культуру! Позднее он окончательно скатился на позиции животного антисемитизма, утверждая, что евреи загрязняют и засоряют немецкую нацию. То есть, чем сильнее они старались быть немцами, тем больше Вагнер видел в них опасность для своей родины. Случилось именно то, чего опасался Мендельсон. Как это могло произойти? Очень просто. Мендельсон жил и работал в стране, властитель которой писал (Вольтеру): „Der menschliche Geist ist schwach. Mehr als drei Viertel der Menschen sind für die Sklaverei des absurdesten Fanatismus geboren. Die Furcht vor dem Teufel und vor der Hölle macht