В 1555 году двух сторонников Реформации перевезли из Тауэра в Оксфорд. Именно здесь, а не в Лондоне, епископы Хью Латимер и Николас Ридли предстали перед ортодоксальным университетским церковным судом. Диспут проходил в Школе богословия и представлял собой классический показательный процесс со смертной казнью через сожжение на костре напротив Баллиол-колледжа. Последние слова Латимера вошли в сокровищницу героических цитат Реформации: «Возрадуйся, магистер Ридли, и будь мужчиной. Сегодня мы возожжем свечу, которую никогда уже не погасят». Латимер умер быстро. Порох, прикрученный к его шее, скоро взорвался, в то время как костер Ридли никак не хотел разгораться («Я несгораемый!). Примерно через полгода Мария, все такая же ревностная католичка, как и прежде, отправила в Оксфорд на костер и архиепископа Кентерберийского Томаса Кранмера.
Не менее решительно, хотя и более умеренно, чем ее сводная сестра, университетскую политику проводила Елизавета I. Отныне и на долгое время Оксфорд и Кембридж получили монополию на англиканское образование. Но их сила обернулась слабостью: католикам, иудеям, квакерам, баптистам, атеистам и нонконформистам всех мастей вплоть до xix века было запрещено учиться в этих университетах. Каждый студент вынужден был приносить клятву на «Тридцати девяти статьях», собрании догматов Англиканской церкви от 1571 года: в Оксфорде – уже в самый момент приема, а в Кембридже – перед выпускным экзаменом. Лишь в 1854 году эта весьма сомнительная «проверка совести» была отменена. Однако вплоть до 1871 года инакомыслящие снимались с профессорских должностей и исключались практически из всех академических учреждений.
Старый конфликт между town и gown достиг причудливой кульминации во время гражданской войны. Университет поддерживал короля, город – парламент. На протяжении четырех лет Оксфорд оставался столицей английских роялистов. Осенью 1642 года изгнанный из Лондона Карл I вместе со свитой и армией отправился в свою академическую резиденцию. Король реквизировал несколько колледжей и переплавил их серебро на военные нужды. Нью-колледж превратился в пороховой склад, в университетских парках расположилась артиллерия. Раз в неделю студенты и преподаватели выходили рыть окопы. Карл обосновался в Крайст-Черч-колледже, королева Генриетта-Мария – в Мертон-колледже. Между ними находилась территория Корпус-Кристи. Чтобы облегчить внутренние передвижения королевских особ, в Садовой стене пробили проход. Деревянная дверь, названная Воротами короля Карла,