Однако в то время в Закавказье шла Гражданская война, Атарбеков был назначен председателем ревкома северных районов Армении, и ему было не до темного прошлого Берии. К тому же Мирджафар Багиров благоволил Лаврентию Берии и прикрывал его. Когда в 1922 году Могилевский был назначен полномочным представителем ГПУ в Закавказье, Атарбеков поделился с ним своими подозрениями в отношении Берии, который к тому времени уже занимал руководящую должность в Грузинской ЧК:
– Непонятная личность, столько о нем говорят нехорошего, а как попробуешь в том удостовериться – то свидетель исчезает, то документ пропадет. Словом, мистика какая-то!
– Ничего, Георгий Александрович, все выясним, дай только время, – заверил в ответ Могилевский.
Когда в том же году Закавказской ЧК потребовался человек, хорошо владеющий грузинским языком, для перевода подпольной меньшевистской литературы, была предложена кандидатура Берии. Однако Могилевский не согласился с этой кандидатурой, сказав, что попросит ЦК компартии Грузии выделить коммуниста-переводчика.
Зная о недоверии к себе со стороны Мясникяна, Атарбекова и Могилевского, которые подозревали его в нечистоплотности и могли разоблачить его темное прошлое, Лаврентий Берия, видимо, решил действовать. Ведь полет этих трех лиц на одном самолете в Сухуми представлял идеальный случай избавиться одним махом от людей, которые ему не доверяли.
…Утром 22 марта авиаспециалисты тщательно готовили к полету «Юнкерс‑13». На нем был заменен пропеллер, опробованы работа мотора и рули управления. В 10 часов утра «юнкерс» к вылету был готов. В 11.30 на аэродром прибыли Мясников, Атарбеков и Могилевский. Последний не хотел лететь в Сухуми, ссылаясь на большую загруженность по работе. Однако Атарбеков уговорил его. В 11.45 аэроплан взлетел с аэродрома. По наблюдениям с земли, «полет совершался в нормальных условиях, и мотор работал хорошо». Но уже в 12.05 дежурному по аэродрому позвонили с телефонной станции Тифлиса и сообщили, что «юнкерс» загорелся, пламя достигает высоты четырех метров. Аэроплан повернул на юг, в сторону Дидубийского ипподрома. Не долетев до него полторы версты, «юнкерс» стал снижаться, и из кабины выпрыгнули Атарбеков и Могилевский. Аэроплан ударился о землю и взорвался.
Была создана правительственная комиссия