К концу XVII века Георгиевский храм обветшал и требовал капитальной перестройки. Средства на возведение новой церкви выделил купец Гаврила Никитич Романов. В 1694 году строительство было закончено. Новый храм состоял из двухэтажного четверика, увенчанного пятиглавием, небольшой трапезной и немного отстоящей от церкви двухъярусной колокольни, соединенной с ней галереей-гульбищем. Нужно отметить, что колокольня Георгиевского храма была первой в Москве колокольней, завершенной главкой с шатриком и зонтичным сводом. Главная (нижняя) церковь была освящена патриархом Адрианом в честь святого великомученика Георгия Победоносца, а верхняя – в честь Благовещения Пресвятой Богородицы.
Георгиевский храм горел в московском пожаре 1812 года, но в 1820-х годах был восстановлен, заново расписан и украшен. В середине XIX века на средства купцов Садомовых и Мазуриных в нижней церкви выстроили два симметричных придела с южной и северной стороны – преподобного Феодора Сикеота и преподобного Нила Столобенского. Первый ярус колокольни обстроили с трех сторон папертью. Тогда же разобрали гульбище и боковые главы и заменили апсиду. Сохранилась лишь белокаменная лестница, которая когда-то вела на галерею из-под колокольни. В начале XX века на колокольне находилось одиннадцать колоколов, два из которых были отлиты в XVII веке. Храм по праву гордился своими древними иконами XVII–XVIII веков и дорогой церковной утварью: богослужебными сосудами, серебряными крестами и паникадилами.
С 1884 по 1893 год в Георгиевской церкви в сане диакона служил будущий известный московский священник – святой праведный Алексий Мечев. Позже он стал священником храма Святителя Николая в Кленниках на Маросейке, в котором прослужил до конца жизни. Он сумел за несколько лет сделать приход этой маленькой церкви одним из самых многочисленных в городе. Его проповеди были просты, искренни, трогали сердце глубиной веры, правдивостью, пониманием жизни. Священника называли старцем, живущим в Москве. Настоятель Оптинского скита игумен Феодосий, побывав в Никольской церкви и увидев плоды духовных трудов отца Алексия, сказал ему: «Да, на все это дело, которое вы делаете один, у нас в Оптине несколько человек понадобилось бы. Одному это сверх сил. Господь вам помогает». В 2000 году на Архиерейском соборе Русской православной церкви отец Алексий был прославлен в лике святых. В храме Николая в Кленниках, который находится в непосредственной близости от церкви Георгия в Старых Лучниках, устроили придел во имя святого праведного Алексия.
На том же Архиерейском соборе канонизировали