Вероятнее всего, церковь была связана с укрепленным острожком, находившимся за пределами посада и прикрывавшим ближайшие подступы к Москве с восточной напольной стороны. В первой половине XVI века после строительства стены Китай-города Иоанно-Богословский храм вошел в черту города. Деревянная церковь неоднократно горела, но всегда находились богатые благодетели, жертвовавшие деньги на ее восстановление. Во время Смуты церковь Иоанна Богослова подверглась разорению от рук польских захватчиков. Историк С. М. Соловьев в «Истории России с древнейших времен» сообщает: «Поляки последовали примеру немцев, и началась страшная резня безоружного народа: в Китае-городе погибло до 7000 человек. Но в Белом городе русские имели время собраться и вооружиться; они ударили в набат, подняли страшный крик, загородили улицы столами, скамьями, бревнами и стреляли из-за этих укреплений в поляков и немцев; из окон домов палили, бросали каменья, бревна, доски. Ратные люди, пробравшиеся прежде в слободы, оказали деятельную помощь: на Сретенке поляки были остановлены князем Димитрием Михайловичем Пожарским, который соединился с пушкарями, отбил неприятеля, втоптал его в Китай-город»[15].
Большинство историков сходятся во мнении, что первый каменный храм на этом месте был построен в 1658 году. Но в авторитетном издании 1796 года «Историческое известие о всех церквах столичнаго города Москвы» говорится, что возле деревянной церкви уже в 1626 году был каменный храм. Название «под Вязом» произошло благодаря могучему вязу, который рос перед алтарем до 1775 года. П. В. Сытин, однако, предлагает и другую версию происхождения добавления «под Вязом»: «В XIV–XV веках на месте Старой и Новой площадей шумел густой лес. Память об этом сохранилась в названии церкви»[16]. Хотя обе эти версии нисколько друг другу не противоречат, а может, дополняют друг друга. Всем известно, что на заре истории Москвы дремучий бор был вокруг всего Кремлевского холма. О том, что в старину столица славилась сосновыми борами, свидетельствуют названия Боровицкого холма, Боровицкой площади, Подсосенского переулка, названного по урочищу Сосенки. То же самое в наименованиях московских церквей – Иоанна Предтечи под Бором, Спаса на Бору или Илии Пророка под Сосенками. Вяз, под которым оказалась китайгородская церковь Иоанна Богослова, может быть, раньше стоял среди множества своих братьев. К легендарному дереву относились с уважением. Его не рубили, оно просто упало, отжив свой долгий век. Любой учебник ботаники скажет нам, что вязы могут жить до четырехсот лет. Получается, знаменитый долгожитель мог расти здесь еще в XIV веке и быть свидетелем самой первой построенной на этом месте церкви.
Вид в Кремле на собор Спаса на Бору и Теремной дворец. Конец XVIII века
В 1825 году Иоанно-Богословская церковь за ветхостью была разобрана