Прокопович утверждал, что знание природы не направлено против христианских законов, поскольку Бог уважает тех, кто пытается изучить природу, и вера является основой для ума, стремящегося к знанию. Он также отмечал, что истинное понятие причины кроется в понимании божественной гармонии природы, которая кажется благоухающей верой по аналогии с макро и микро-мирами.[63]
С переездом в Санкт-Петербурге в 1716 г., Прокопович не оставил свои изыскания в области естественной философии, и предположительно стал Оратором так называемого «Общества Нептуна», связанного с научным экспериментированием, алхимией и даже масонством.[64] Более того, он примкнул к литературно-философскому кружку, так называемой «ученой дружине», в котором состояли Яков Брюс и В. Н. Татищев.[65] В Санкт-Петербурге Прокопович полностью отдался библиомании, собирая библиотеку, составившую более чем 3000 томов на момент его смерти в 1736 г. Большинство этой коллекции имело теологическую направленность, но имелось и значительное количество алхимических работ 34-х авторов, включая Даниэля Сеннерта, и множество оккультных трактатов, таких авторов, как Генрих Корнелиус Агриппа (1486–1535), Левий Лемин (1505–1568), Марчелло Пилиндженио, Джироламо Кардано (1501–1576) и Джованни Баттиста делла Порта (1535–1615).[66]
Алхимическая коллекция Прокоповича не столь обширна как у его друга и коллеги Брюса, но весьма значима. Трудно представить любое другое духовное лицо в России в то время, способное сделать успешную теологическую карьеру, имея такие «сомнительные» научные интересы. Обладание Прокоповичем коллекцией алхимических трактатов, по словам Коллиза, было смелым и опасным предприятием, которое, вероятно, покоилось на протекции и патронаже самого Царя. Поддержка Петра была крайне важна для начала карьеры Прокоповича в Санкт-Петербурге, где он столкнулся серьезным противостоянием конкурентов. Так, назначение его Епископом Пскова в 1718 г., было отклонено Стефаном Яворским, на том основании, что Прокопович – еретик, защищающий иноверие, что было серьезным обвинением.
Третьим сподвижником Петра Великого в области «тайных наук» Коллиз называет шотландского врача Роберта Эрскина (1677–1718). Он прибыл в Россию летом 1704 г. и играл существенную роль в стране вплоть до своей ранней смерти в возрасте сорока одного года в ноябре 1718 г. В начале своей карьеры он был личным врачом А. Д. Меншикова, затем быстро продвинулся и стал лейб-медиком царя, а затем архиатром – главой всего медицинского ведомства.[67] В этой роли Эрскин был инициатором создания первого аптекарского и ботанического сада России в Санкт-Петербурге. В 1714 г. Царь назначил Эрскина первым директором Кунсткамеры, а также директором ее библиотеки. В 1716 г. он стал членом Государственного Совета, что давало привилегию наследуемого дворянства. Большое уважение, которое Петр I питал к Эрскину, отражено в организации его государственных похорон в январе 1719 г.