В 383 г. Феодосий созвал «собор всех ересей», на котором сторонники различных толкований христианского учения представили ему письменное изложение своих воззрений. Из них император выбрал только Никео-Царьградский символ веры, а прочие разорвал. Так началась государственная политика охраны никейского вероучения от внутрицерковного разброда.
Язычников император преследовал гораздо жёстче. Эдиктом 392 г. были запрещены все языческие культы, их ритуалы, мистерии, празднества (включая олимпийские игры), были закрыты все языческие храмы. В мае 394 г. в битве в долине реки Фригид в Северной Италии христианское воинство Феодосия наголову разгромило римских язычников, тогда же был взят в плен и принародно обезглавлен император-язычник Евгений. Отныне христианство стало главной религией Европы. Языческих жрецов молва потихоньку обратила в колдунов и колдуний, затем в ведьм и ведьмаков.
Ещё раньше, в декабре 388 г. Феодосий I, будучи в Медиолане[26], принял мелкое необдуманное решение, которое, однако, имело далеко идущие последствия. Император приказал покарать виновников поджога синагоги в городке Калинник на Евфрате и восстановить синагогу на средства местного епископа, призывавшего толпу к погрому. Слух о таком приказе императора дошёл до медиоланского епископа Амвросия. Епископ потребовал, чтобы Феодосий отказался от своего решения и во время службы в церкви не стал совершать евхаристию[27]. Феодосий поддался давлению и отозвал свой приказ. Как результат, по империи прокатилась волна еврейских погромов.
Под впечатлением от случившегося, Амвросий заговорил о необходимости церковного контроля над государством и о праве церкви налагать вето на любую меру властей, которая могла бы повредить интересам веры. Так стала продвигаться в народ идея теократического (церковного) государства.
В 390 г. в греческом городе Фессалонике случились массовые возмущения по причине запрета публичных празднеств. Когда об этом доложили императору, Феодосий I повелел наказать смутьянов. Жителей города пригласили от его имени в местный цирк, якобы для примирения народа с властью. Когда все собрались, на толпу напали солдаты, и началась резня. Убили до 15 тыс. человек.
Возмущённый злодеянием епископ Амвросий потребовал от Феодосия публичного покаяния, а предварительно отлучил императора от церкви. Подобное случилось впервые в истории! Но далее произошло