Четвёртый Далай-Лама (воплощённый во внука Алтан-хана – Йонтена Гьятсо) вдруг признал в своем наставнике Лобсанге Чойджине, воплощение Будды Амитабхи и дал ему титул Панчен-Ламы («драгоценный учитель»). Со временем сложилось так, что последующие Далай-Ламы являлись в основном светскими руководителями Тибета и заседали в Лхасе, тогда как Панчен-Ламы (иначе-Таши-Ламы) были духовными наставниками страны, обитая в монастыре Ташилумпо в Шигадзе.
Дальнейшие столетия стали годами утраты тибетской государственности. Сначала монголы в 18 веке захватили Тибет и установили своего Далай-Ламу, а затем, когда он умер, Манчжурский император Китая ввёл в страну войска и привёз в столичную Лхасу своего мальчика, Далай-Ламу седьмого.
Однако, когда власть манчьжуров зашаталась, к Тибету стали проявлять активное внимание две другие державы: Англия и Россия. Здесь следует рассказать об Агване Дорджиеве, – буддистском монахе из Бурятии. Он 15 лет учился в монастыре Дрепунг и позже стал одним из духовных наставников Далай-Ламы тринадцатого. Когда Британия стала давить на тибетские границы, Дорджиев стал доказывать всем, в том числе и Далай-Ламе, что Россия, её Алтай и есть та священная Шамбала, король которой должен был по легенде спасти Тибет от врагов. Бурятский лама организовал в 1898, 1900 и 1901 годах три посольства от Далай-ламы к царю Николаю второму. Британцам скоро стало известно, что России предложили открыть свою дипломатическую миссию в Лхасе, тогда как им отказали в этом. К тому же в прессе появились сообщения, что Россия намеревается утвердить буддизм, в качестве одной из своих официальных религий. Как результат – вторжение английских войск из Индии, последовавшее в 1904 году.
Далай-Лама бежал в Монголию, вместе с Дорджиевым. Переговоры ламы-настоятеля монастыря Ганден с англичанами привели к двухстороннему соглашению о том, что Тибет будет самостоятельным государством. Пробыв два месяца в Лхасе, британские войска отошли к Гьянтзе, а Далай-Лама вернулся в столицу.
Однако, манчжурская династия в Пекине запротестовала и Британия была вынуждена изменить договор: над Тибетом устанавливался Китайский протекторат. В 1910 году, по примеру англичан, китайцы неожиданно взяли штурмом Лхасу и Далай-Лама вновь бежал, теперь уже в Индию.
Лишь после революционного разрушения Манчжурской династии Китая в 1911 году, в Тибете началось восстание. К концу 1912 года последний отряд манчжур был разбит и в январе 1912 года тринадцатый Далай-Лама (Гьялва Тубтен Гьятсо, 1876—1937гг.) возвратился в Лхасу и восстановил власть теократии гелугпа.
А в пятидесятых годах прошлого века последовало новое вторжение Китая в Тибет, повлекшее массовый исход беженцев из страны и разрушение множества буддистских монастырей. Бежал и Далай-Лама четырнадцатый, Гьялва Тэнтзин Гьятсо. Родившийся в 1935 году, он здравствует и поныне, являясь главой ламаистского варианта