Во главе коллегии стоял ректор. В 1642 году Петр Могила сделал свой выбор. Место Игнатия Оксеновича-Старушича, «мужа многомудрого и [к сожалению] многоболезненного», владыко предложил занять Иосифу Кононовичу-Горбацкому[16], «добре подвизавшемуся о учении в [различных] школах». Церковные документы свидетельствуют: ректор Киево-Могилянской коллегии был «муж по истине достойный удивления и всякими мудростями и знаниями украшенный». На ректорстве И. Кононович-Горбацкий пребывал четыре года и передал бразды правления Иннокентию Гизелю, который до конца жизни именовался «благодетелем и покровителем киевских школ».
Об И. Гизеле святитель Димитрий Ростовский писал: «Много [он] студентов в цветущей младости вразумил и искусных в книжной премудрости показал». То, что в их число входил и Самуил Ситнянович, сомнению не подлежит.
Правой рукой ректора являлся префект. До 1647 года эту должность справлял Сильвестр Косов, который чутко держал руку на пульсе учебного процесса, зорко следил за твердым выполнением программ в младших и старших классах.
По образованности и по знанию своего предмета, риторики, Сильвестру Косову не было равных. И не случайно, что он стал первым на Украине доктором богословия, а затем и ректором Киево-Могилянской коллегии.[17]
Родоначальником славянской филологии называли Мелетия Смотрицкого[18], по «Грамматике словенския» которого обучалось не одно поколение молодежи Малой и Белой Руси и России.
В дошедших до нашего времени источниках рядом с именами Епифания Славинецкого, Арсения Сатановского, Варлаама Лащевского неизменно употребляется словосочетание «известные эллинисты».
Утвердительно можно сказать, что на греческом языке Симеон Полоцкий не писал и не оставил после себя каких-либо сочинений, однако сие не означает, что язык Гомера, Пиндара, Платона, Сократа, Аристотеля, Демосфена, Еврипида был ему чужд. Стихи и драматические произведения Симеона Полоцкого изобилуют примерами, заимствованиями из истории Древней Эллады, именами ее героев. Это воочию доказывает, что труды преподавателей-эллинистов не прошли бесследно. Да ведь иначе и не могло быть! Переводы с греческого языка являлись обязательными для студентов. Ко всему, древнегреческая мифология, которая преподавалась в училище «с нарочитой обширностью и с малейшими подробностями», стояла среди предметов обучения в особом ряду.
Авторитет философского учения Аристотеля оказался настолько устойчивым, что с несущественными изменениями оно кочевало из века в век, покуда не дошло до учебных заведений Польши, не миновав Киево-Могилянскую коллегию. Логике, физике и метафизике предшествовали азы диалектики, которая, однако, грешила элементарной схоластикой. Попытки соединить учение Аристотеля