На посту верховного пастыря Украины Иова (Борецкого) сменил человек, угодный Польше, приверженец Унии митрополит Исайя (Копинский). И вот тут-то, как говорится, нашла коса на камень. Пользуясь своей относительной самостоятельностью, Петр Могила, в противовес киевской братской школе, которая находилась в митрополичьей юрисдикции, создал при Лавре высшее училище «для преподавания свободных наук на греческом, славянском и латинском языках».
В июне 1631 года Петр Могила писал: «Я, милостию Божею Архимандрит Киевопечерский, видя великую потерю для душ человеческих от неучености духовенства и необучения юношества, и желая, при благодати и помощи Божией, по собственной моей воле, предотвратить столь великую потерю, а также приобрести удалившихся от Православия, вознамерился основать школу для того, чтобы юношество наставляемо было во всяком благочестии, в добрых нравах и в свободных науках, и сие не для какой-либо пользы или славы моей, но во славу и честь Живоначальной, Нераздельной Троицы, Отца и Сына, и Святаго Духа, в пользу и утешение правоверного народа».
Что тут сотворилось! Митрополит метал громы и молнии, а братчики тем временем смекнули, что объединение с могилянцами сулит им немалые выгоды, поскольку в названии училища фигурировало слово «высшее», да и патриарший патронаж позволял смело глядеть в будущее. Но увы, сколько ни бился Петр Могила, чтобы его детище именовалось Академией, ничего из этого не вышло. Однако от этого значение учебного заведения в духовной жизни Малой и Белой Руси, а впоследствии и России отнюдь не уменьшилось, наоборот, училище приобрело известность и притягательность, поколебать которую не смогли ни войны, ни всевозможные бедствия.
Из знаковых событий, которые произошли до того момента, когда перед отроком Самуилом распахнулись двери Киево-Могилянских Афин, можно отметить следующие. В 1632 году король Польский Владислав IV даровал православной церкви Украины равенство с униатской. Выхлопотал сие Петр Могила, который представлял в польском сейме делегацию Киева и, как мы помним, имел влиятельную родню в Варшаве. Последствия такого акта сказались незамедлительно.
Противник киево-печерского архимандрита митрополит Исайя (Копинский) был лишен сана, вослед ему лишились епископских кафедр многие из приверженцев Унии, православной церкви был возвращен Софийский собор и большая часть монастырей, захваченных униатами.
В 1633 году во Львове состоялась церемония возведения в сан митрополита Киевского Петра Могилы. К чести владыки, ни монахов Лавры, ни своих питомцев-могилянцев он не покинул. По прошествии многих лет, уже пребывая в Москве, Симеон Полоцкий собрал прекрасную библиотеку, в которой книги его духовного наставника Петра Могилы находились на самом видном месте.
Различны книги нам суть Богом предложены,
да благонравно жити будем наученни.
Первая книга – мир сей, в ней же написася,
что