Весной 1931 года благочинный предложил духовенству следовать формуле поминовения властей, введенной Временным Патриаршим Священным Синодом при Заместителе Патриаршего Местоблюстителя митрополите Сергии (Страгородском), и определить свое отношение к июльской Декларации 1927 года. В случае несогласия предлагалось уволиться на покой, чтобы не попасть под запрещение в священнослужении. Отец Владимир принял решение выйти за штат. В сентябре 1931 года он поступил на гражданскую службу в Научно-исследовательский институт птицеводства заведующим группой измерительных процессов.
5 апреля 1932 года отец Владимир был арестован органами ОГПУ как «активный участник Всесоюзной контрреволюционно-монархической организации “Истинно Православная Церковь”». На допросе у следователя он сказал: «Как верующий человек я, естественно, не могу разделять политику советской власти по религиозному вопросу. В Институт птицеводства я поступил 8 сентября 1931 года, дал несколько изобретений – приборов по птицеводству. О том, что я лишен избирательных прав и был священником, в институте не знали. Фамилии своих знакомых предпочитаю не называть, дабы не навлечь на них неприятностей… Ведя организованную работу среди молодежи, я ставил перед собой задачу удовлетворения их личных запросов в духе христианского понимания жизни… Повторяю, что назвать персонально этих людей я отказываюсь по моральным и религиозным причинам…»
Особым Совещанием при Коллегии ОГПУ СССР 7 июля 1932 года он был приговорен к ссылке в Северный край сроком на три года, но затем вышло постановление приговор считать условным и обвиняемого «изпод стражи освободить». Об освобождении отца Владимира ходатайствовало руководство Академии наук, где он в то время работал.
В 1933 году повсеместно проводилась паспортизация, и отцу Владимиру для получения паспорта пришлось уехать на год в город Россошь и там жить и работать. В 1934-м он возвратился в Москву и устроился на работу в Институт климатологии в поселке Кучино. В Кучине отец Владимир снял две комнаты и переехал туда вместе с детьми и Марией Алексеевной; в 1935 году представилась возможность переехать в Никольское – ближе к Москве. Живя в Никольском, семья отца Владимира посещала храм в честь Почаевской иконы Божией Матери у станции Салтыковка; в этом храме отец Владимир обычно молился в алтаре. В 1930-е годы он продолжал руководить своими духовными детьми, совершая богослужения в домах тех, кто был наиболее близок ему.
После перехода на гражданскую службу отец Владимир выполнял много договорных работ, которые высоко оплачивались. Значительную часть заработанных средств он отдавал семьям сосланных или умерших в заключении священнослужителей. Духовные чада отца Владимира, имевшие достаток, по послушанию духовному отцу также помогали семьям ссыльных, причем отец Владимир строго следил за тем, чтобы эта помощь оказывалась своевременно и соответствовала оговоренным суммам.
Семья