До 1924 года христианские студенческие кружки пользовались всеми правами легальных общественных организаций, проводили публичные лекции на религиозные темы, в том числе и в Политехническом музее. В 1924 году деятельность христианского студенческого движения советская власть запретила, и многие руководители движения были готовы этому подчиниться, но Владимир Амбарцумович рассудил иначе. Он считал, что в такое сложное и бурное время, какими были послереволюционные годы, христианское просвещение в России необходимо, и принял решение продолжать деятельность нелегально. Занятия кружков проводились на частных квартирах, и даже организовывались съезды представителей кружков.
В этот период жизни Владимир Амбарцумович чудом избежал ареста. Однажды ночью в дом Николая Евграфовича Пестова, где находился Владимир Амбарцумов, с ордером на обыск и арест пришли сотрудники ОГПУ. Чекист, проводивший обыск, не зная, что Владимир Амбарцумович является председателем движения, продержал его всю ночь и наутро отпустил, арестовав Николая Евграфовича.
После этого случая Владимир Амбарцумович изменил свою наружность (сбрил бороду и постриг волосы), уволился с гражданской службы и не имел постоянного места жительства, но, несмотря на опасность положения, продолжал работу в кружке.
В середине 1920-х годов круг общения Владимира Амбарцумовича обновился, среди его знакомых появилось много православных людей; тогда же он познакомился с протоиереем Валентином Свенцицким, оказавшим большое влияние на его духовную жизнь. 5 декабря 1925 года в Никольской церкви на Ильинке отец Валентин крестил детей Владимира Амбарцумовича – Евгения и Лидию.
Глубокая внутренняя сосредоточенность на предметах веры, искание правды Божией и истинного ее исповедания привели Владимира Амбарцумовича в начале 1926 года, в возрасте тридцати трех лет, к решительному переходу в Православие.
Став прихожанином Никольского храма на Ильинке, он начал прислуживать и читать в церкви, принял участие в организации и осуществлении большого паломничества в Дивеево и Саров. По семейному преданию, блаженная Мария Ивановна Дивеевская сказала ему, что он примет священство.
В конце 1927 года Владимир Амбарцумович по рекомендации протоиерея Валентина Свенцицкого был направлен в город Глазов к единомысленному с отцом Валентином епископу Ижевскому и Воткинскому Виктору (Островидову).
4 декабря в кафедральном Преображенском соборе он был рукоположен епископом Виктором во диакона, а 11 декабря – во иерея и определен на служение к Георгиевской церкви города