Тогда же Гапон познакомился с начальником Особого отдела департамента полиции Сергеем Зубатовым. Последний прославился созданием подконтрольных полиции рабочих союзов, и священнику было предложено принять участие в этой работе. Цель Зубатова состояла в том, чтобы созданием легальных рабочих организаций ограничить влияние на пролетарскую среду революционеров. Идея была в духе борьбы с пьянством! Мол, рабочих тянут в борьбу не собственно революционные идеи, а желание собраться вместе, излить душу, пообсуждать насущные проблемы, походить с какими-нибудь флагами. Посему надо создать людям некую альтернативу по типу чайных и народных домов.
В 1902 году в столице было основано Общество взаимного вспомоществования рабочих механического производства, а Гапон был привлечен к нему как популярный в рабочей среде священник. Ознакомившись с деятельностью зубатовских организаций, он написал доклад, в котором предлагал основать новое рабочее общество по образцу независимых английских профсоюзов. Главная идея Гапона состояла в том, что зубатовские общества слишком тесно связаны с полицией, что компрометирует их в глазах рабочих и парализует рабочую самодеятельность.
В августе 1903 года Зубатов из-за личной ссоры с министром внутренних дел Вячеславом Плеве был отправлен в отставку и выслан из Петербурга. После этого петербургская зубатовская организация осталась в подвешенном состоянии, и Гапон оказался как бы естественным преемником Зубатова. Осенью того же года Гапон взялся за воссоздание организации в соответствии со своими идеями. С этой целью им был написан новый устав общества, резко ограничивающий вмешательство полиции в его внутренние дела. Фактически Гапон стал единственным посредником между рабочими и администрацией.
Идеи священника, как ни странно, получили одобрение полиции, и 15 февраля 1904 года новый устав общества был утвержден заместителем министра МВД Петром Дурново. Гапона также поддерживали лично директор департамента полиции Петербурга Лопухин и мэр Иван Фуллон. Последний считал, что Собрание является «твердым оплотом против проникновения в рабочую среду превратных социалистических учений». Гапон взял с градоначальника честное слово, что в его Собрании не будут производиться аресты, а про полицейских чинов, пытавшихся проникнуть в стены Собрания, он прямо говорил рабочим: «Гоните их вон!»
«Поставленный руководителем политической полиции