В 1565 году Август Саксонский констатировал: «Русские быстро заводят флот, набирают отовсюду шкиперов; когда московиты усовершенствуются в морском деле, с ними уже не будет возможности справиться…».
По мнению Р.Г.Скрынникова, знать легко бы простила Грозному отставку его советника Адашева и тСильвестра, но она не желала мириться с покушением на прерогативы боярской Думы. Идеолог боярства Курбский самым решительным образом протестовал против ущемления привилегий знати и передачи функций управления в руки приказных (дьяков): «писарям русским князь великий зело верит, а избирает их ни от шляхетского роду, ни от благородна, но паче от поповичей или от простого всенародства, а то ненавидячи творит вельмож своих».
Новые недовольства князей, считает Скрынников, вызвал царский указ от 15 января 1562 года об ограничении их вотчинных прав, ещё больше чем прежде уравнивающий их с поместным дворянством. Вследствие этого в начале 1560 годов среди знати появляется стремление бежать от царя Ивана за границу. Так, дважды пытался бежать за рубеж и дважды был прощён И.Д.Бельский, были пойманы при попытке к бегству и прощены князь В.М.Глинский и И.В.Шереметев. Среди окружения Грозного нарастает напряжённость: зимой 1563 года перебежал к полякам боярин Колычев, Т.Пухов-Тетерин, М.Сорохозин. Был обвинён в измене и сговоре с поляками, но после помилован наместник г. Стародуба В.Фуников. За попытку уйти в Литву смоленский воевода князь Дмитрий Курлятев был отозван из Смоленска и сослан в отдалённый монастырь на ладожском озере. В апреле 1564 года в Польшу перебежал в опасении опалы Андрей Курбский, как позднее указывает в своих сочинениях сам Грозный, прислав оттуда Ивану обвинительное письмо. Борьба за власть, в конечном итоге, приводит, даже в прошлом заслуженных людей к предательству интересов государства, за свои личные интересы. Это тебе не напоминает мой читатель наши времена.
В 1563 г. дьяк Владимира Андреевича Старицкого Савлук Иванов, посаженный князем за что-то в тюрьму, подал донос о «великих изменных делах» последнего, что тотчас нашло живой отклик у Ивана. Дьяк утверждал, в частности, что Старицкий предупредил полоцких воевод о намерении царя осадить крепость. Царь простил брата, но лишил части удела, а княгиню Ефросинью Старицкую 5 августа 1563 г. велел постричь в монахини Воскресенской обители на р. Шекене. При этом последней было позволено сохранить при себе прислугу, получившую несколько тысяч четвертей земли в окрестностях монастыря, и ближних боярынь-советниц, а также разрешены поездки на богомолье в соседние обители и вышивка. Веселовский и Хорошевич выдвигают версию добровольного пострижения княгини в монахини.
В 1564 г. русское войско было разбито на р. Улле. Есть версия, что это послужило толчком к началу казней тех, кого Грозный счёл виновниками поражения: были казнены двоюродные братья – князья Оболенские, Михайло Петрович Репнин и Юрий Иванович Кашин.
В начале декабря