Во время возникшего на подводной лодке 11 января 1962 года около 8 часов 20 минут пожара Бегеба не выполнил долг командира, как это предусмотрено ст. 156 Корабельного устава ВМФ и ст. 13 Наставлений по борьбе за живучесть подводной лодки (НБЖ ПЛ-16).
Зная, что в лодке осталось много людей, в главный командный пункт лодки он не спустился, обстановку не выяснил, личный состав на борьбу за живучесть корабля не возглавил и занялся выполнением второстепенных, не столь важных в создавшейся обстановке вопросов и, по существу, самоустранился от командования кораблем.
Личный состав, лишенный руководства и не подготовленный к борьбе за живучесть корабля в сложных условиях, не мог организовать свои усилия в этом направлении и устремился в сторону кормы, ища спасения.
От происшедшего вскоре взрыва погибло большое число людей, и затонули 2 подводные лодки: Б-27 и стоявшая с нею рядом С-350.
В нарушение ст. 126 Корабельного устава Бегеба недостаточно осуществлял контроль за состоянием организации службы, оружия и технических средств, вследствии чего на подводной лодке Б-37 по вине личного состава имели место 2 аварии: в 1960 году – попадание воды в боевую торпеду и вывод ее из строя и в 1961 году – попадание воды в аккумуляторную батарею. Кроме того, Бегеба не проявил надлежащей требовательности к своему старшему помощнику капитан-лейтенанту Симоняну в части сдачи им зачетов на допуск к самостоятельному управлению кораблем.
В суде Бегеба показал, что 11 января 1962 года перед подъемом флага Якубенко доложил ему о необходимости сходить на судоремонтный завод № 10 по делам службы, и Бегеба согласился с этим, однако разговора о том, что Якубенко сошел с корабля для этой цели во время проворачивания, не было. Это обстоятельство подтверждается показаниями Якубенко, который пояснил, что после разговора с Бегебой он вскоре обратился к старшему помощнику Симоняну за разрешением сойти с корабля для того, чтобы отправиться на завод, и о своем уходе с корабля вскоре после подъема флага Бегебе не докладывал. Таким образом, утверждение Бегебы о том, что он не знал об отсутствии Якубенко на корабле во время проворачивания, находит подтверждение.
В части своих действий во время пожара на лодке Бегеба показал, что в тот момент, когда он примерно в 8 часов 20 минут направился с причала на лодку, то увидел, как из ограждения рубки повалил густой дым. Он тут же доложил об этом по телефону начальнику штаба эскадры контр-адмиралу Юдину, который в этот момент находился в комнате оперативного дежурного, и сразу же догадался пройти в центральный пост или на мостик лодки, но из-за дыма, валившего под напором изнутри лодки, пройти в нее не смог. В этот момент через дверь ограждения рубки вышел старшина 1-й статьи Параскан,