II этап связан с зарождением и формированием капитализма в феодальных странах Европы, сопровождавшимся расширением связей между разными странами. Поиски морского пути в Индию привели к крупным географическим открытиям. Из дальних стран стали доставляться диковинные животные и растения, зачастую совершенно не похожие на уже известные. Возрос интерес к изучению природы и своих стран. Появляются ботанические сады: в 1309 г. – в Салерно, в 1333 г. – в Венеции, в 1525-м – в Падуе и т. д. Лука Гини изобрел способ гербаризации: возникают хранилища засушенных растений («зимние сады»), развивается искусство гравюры, издаются многочисленные сочинения с изображениями и описаниями растений. Зверинцы, существовавшие задолго до этого периода, пополняются экзотическими животными; позже многие из них преобразуются в зоологические сады.
С начала XVI в. постепенно накапливается огромный материал по систематике животных и растений, становится известным большое количество новых видов. В XVIII в. шведским ученым Карлом Линнеем, основоположником научной систематики, была создана известная «Система природы» (1735), позволившая разобраться в накопленном к тому времени материале и систематизировать его. К. Линней обосновал систему соподчиненных номенклатурных категорий, ввел двойные названия растений и животных (бинарную номенклатуру) и описал значительное число новых видов растений и животных с указанием их распространения.
В XVIII в. участились экспедиции по изучению природы, в том числе флоры и фауны России. В основанной в 1724 г. Петром I Российской академии наук Географический департамент с 1758 г.
возглавлял Михаил Васильевич Ломоносов. «Именно М. В. Ломоносову потомки должны быть благодарны за плодотворную идею организации грандиозных академических экспедиций в 1768–1774 гг., которые изучали природу отдаленных окраин России под руководством В. И. Беринга, П. С. Палласа, И. Лепехина, В. Ф. Зуева и многих других известных географов» [Абдурахманов и др.]. Натуралист Иоганн Георг Гмелин, член Петербургской академии наук, в 1733–1743 гг. исследовал области к востоку от Байкала и бассейн Лены. Он первым обратил внимание на то, что Западная и Восточная части Сибири отличаются одна от другой, и границу между ними провел по Енисею. Одной из первых физико-географических монографий, включавших многочисленные сведения о животных и растениях, была книга Степана Петровича Крашенинникова «Описание земли Камчатки» [1756). Огромный вклад в развитие биогеографии внес российский академик Петр Симон Паллас (1741–1811). Он совершил ряд путешествий и собрал огромный фактический материал по фауне и флоре востока европейской части России, а также Сибири и других территорий. Описал 283 новых вида растений. Большое внимание П. С. Паллас уделял особенностям обитания и распределения животных. Он является автором первой сводки по позвоночным