Католические земли империи также не отставали от протестантских по числу университетских оснований XVI–XVII в. Часть из них обязана местным епископам, которые выступали в таком случае как духовные князья и руководствовались схожими мотивами, что и светские. Таковы основания университетов в резиденции епископа Аугсбургского – Диллингене (1553), а также в Вюрцбурге (1582), Падерборне (1614), Зальцбурге (1622), Бамберге (1648) – столицах одноименных епископств. Оставшаяся часть новых католических университетов появилась в составе мозаичного государства Габсбургов – Ольмюц (1570), Грац (1585), Иннсбрук (1668), Бреслау (1702), где они отвечали образовательным потребностям различных провинций: Моравии, Штирии, Тироля и Силезии. Но, несмотря на участие епископов, ключевую роль в развитии всех католических университетов Священной Римской империи сыграл Орден иезуитов. Именно появление иезуитов в империи определило общность системы ее католических университетов, как старых, так и новых, а также их своеобразные черты, отделявшие их от протестантских при сохранении несомненного внешнего сходства.
Основанный в 1539 г. Игнатием Лойолой орден (Societas Jesu) стал главным орудием Контрреформации. Его задачей была борьба с распространением «ереси» (как называли учения протестантов), но не столько с помощью силы, сколько в умах людей, для чего лучше всего подходила сфера образования. Поэтому деятельность ордена была преимущественно сосредоточена в учебных заведениях. Уже в середине XVI в. иезуиты получили право основывать в границах Священной Римской империи свои коллегии (от лат. – сообщество, товарищество). Под таким названием понимали объединение преподавателей и студентов, устроенное на общежитийных началах, в одном помещении в городе, что-то вроде небольшого монастыря, где поступающие получали полное содержание из заранее предназначенных средств. Первая такая коллегия, Collegium Carolinum, появилась в Праге при Карле IV еще в XIV в. и содержалась за счет нескольких деревень, принадлежавших короне. Средствами для содержания иезуитских коллегий в Центральной и Восточной Европе XVI–XVII в., как правило, становились доходы с недвижимых имений и проценты с капиталов, переданных в пользу ордена духовными и светскими магнатами.[189] Они создавали солидную материальную базу для привлечения учащих и учащихся. Папскими буллами 1556 и 1561 г. учебным заведениям иезуитов даровались права присваивать выпускникам низшие ученые степени – бакалавра и магистра