Распространение немецких университетов по территории Священной Римской империи в XVI–XVII в. было удачно охарактеризовано историками как сочетание трех факторов: экспансии, дифференциации, профессионализации.[184] Экспансия выразилась резким увеличением числа университетов, за два века – более чем в два раза, что образовало самую густую сеть высших учебных заведений в Европе. При взгляде на нее все же видны определенные неравномерности: университетов много на западе и мало на севере, востоке и юго-востоке империи. В то же время основное число этих западных университетов в областях вдоль Рейна – малые, «земельные», с очень ограниченным количеством профессоров и студентов. Ясно, что это объясняется большей степенью территориальной раздробленности империи на западе, чем на востоке, а также тем, что на Рейне и вблизи него находилось больше торговых городов, откуда студенты могли поступать в университеты.[185] Тем не менее наиболее посещаемые немецкие университеты в XVI–XVII в. – Виттенберг, Лейпциг, Йена, Гельмштедт, как и в XVIII в. – Галле и Гёттинген, лежали в центральных областях империи.
Первым основанным после начала Реформации протестантским университетом стал Марбургский в 1527 г. Он открылся по указу гессенского ландграфа Филиппа Великодушного, принявшего лютеранство. Основатель долгое время был политическим лидером протестантских князей, поддерживал контакты с Меланхтоном, поэтому первые профессора пришли в Марбург из Виттенберга. Но дальше нужно было проводить экзамены на ученые степени, формируя следующее поколение профессоров, преподающих «новую веру». О папской привилегии на это, гарантирующей признание ученых степеней нового университета во всем западном мире, конечно, не могло быть и речи. Поэтому Филипп Великодушный использовал весь свой политический вес, чтобы получить эту привилегию у императора, и это ему удалось в 1541 г.
Второй протестантский университет, Кёнигсбергский, был открыт в 1544 г. в землях секуляризованного Тевтонского ордена, где образовалось герцогство Пруссия. Последний магистр ордена и первый прусский герцог Альбрехт Гогенцоллерн в 1525 г. перешел в лютеранство, принес вассальную присягу Польше и затем основал университет, получивший его имя – Academia Albertina, а в 1561 г. польский король Сигизмунд Август, известный своей веротерпимостью и покровительствовавший протестантам, подтвердил права университета своей привилегией. Поскольку Кёнигсберг находился за пределами Священной Римской империи, то для его университета формально, вообще, не требовалась санкция