Нижний этаж храма предназначался для хранения воинских реликвий. Перекрытый сводами, он весь был расписан по ярко-красному фону ликами святых и сценами из жизни Николая Чудотворца.
Выстроенный в духе раннего русского зодчества, символизирующий единство Руси, одноглавый храм Спас-на-Водах органично вписывался в окружающий его водный ландшафт и удачно завершал панораму Английской набережной. Вместе с построенной на противоположном берегу Невы церковью подворья Киево-Печерской лавры храм являлся своеобразными духовными воротами для прибывавших в город судов. Он стал постоянным напоминанием курсантам Морского кадетского корпуса о славном подвиге их старших товарищей, исполнивших долг верности присяге и погибших за Отечество.
Увы, храм, воздвигнутый на средства народа для поминовения русских моряков, простоял всего лишь 21 год. В марте 1932 года он был взорван, как и многие православные церкви.
В 1980-х годах общественность города заявила о необходимости воссоздания памятника Спас-на-Водах. Был организован инициативный Комитет по восстановлению храма. 27 мая 1998 года в 93-ю годовщину Цусимского сражения и 295-й год со дня рождения Санкт-Петербурга был положен и торжественно освящен закладной камень будущей часовни. Под ее основание был положен православный крест, привезенный из Франции священником Солдатенковым. 23 мая 2002 года состоялась торжественная церемония поднятия креста на часовне храма. Появилась реальная надежда на возрождение уникального памятника!
В ноябре 2006 года в жизни восстановленной часовни храма Спас-на-Водах и ее прихожан произошла почти сказочная история: руководителю возрождающегося храма позвонил церковный историк, капитан I ранга Никита Поздняков, и сообщил, что в поселке Вырица живут люди, желающие передать в храм вещи, некогда принадлежавшие Спасу-на-Водах.
Они, подвергаясь смертельной опасности, бережно хранили церковные раритеты, которые по завещанию отца Владимира (Рыбакова), последнего настоятеля храма, обещали вернуть в храм в случае его возрождения. Благословенный день настал, ценнейшие реликвии обрели в храме свое второе рождение. Это были икона Спаса Нерукотворного, икона Святителя Чудотворца, плащаница Спасителя, хоругвь с иконы Александра Невского, капитель угловой колонны Престола уничтоженного храма и Евангелие 1904–1905 годов.
А в 2007 году Русский музей передал храму сохранившиеся после взрыва мозаичные фрагменты украшений храма. Среди них – голова Христа, находившаяся