Однако имелась потребность в сооружении, которое увековечивало бы память всех погибших моряков и дало бы возможность родным вспомнить о них в молитвах. Родственники погибших приходили молиться во временную церковь на взморье Васильевского острова. Объединенные общим горем, люди хотели увековечить память родных сооружением постоянного храма. Осенью 1908 года они обратились в Министерство внутренних дел с ходатайством о разрешении организовать Комитет по сбору пожертвований на храм. Николай II одобрил эту идею и 22 ноября 1908 года подписал разрешение. Был сформирован комитет, куда вошли командиры военных кораблей, инженер-строитель Сергей Смирнов, архитектор Мариан Перетяткович, скульптор Борис Микешин. Возглавить комитет было предложено великой княгине Ольге Константиновне. Комитет составил воззвание к народу. Газеты писали о том, как «бурно вырвалось наружу народное чувство, раскрылось золотое русское сердце, и со всех концов громадной нашей Родины, а также от зарубежных соотечественников полились щедрые пожертвования».
Для постройки храма намечалось три участка: на набережной в месте разделения Невы и Большой Невки, при слиянии Мойки и Пряжки и у строящегося Петропавловского моста. Но к всеобщему одобрению выбрано было другое место: берег Невы на западной стороне Ново-Адмиралтейского канала, напротив Кадетского корпуса (ныне Высшее военно-морское училище имени Фрунзе). Особо подчеркивалось, что храм должен стать не только святыней, но и напоминанием питомцам корпуса о подвиге их соотечественников.
В процессе работы над проектом будущего храма были использованы многие элементы и детали двух старинных русских соборов: храма Святого Покрова на Нерли и Дмитриевского собора во Владимире. Храм и по внешнему облику своему повторял одноглавый Дмитриевский собор, построенный великим князем Всеволодом Большое Гнездо в 1194–1197 годах, только увеличенный в полтора раза: длина 9,2 сажени (20 м), ширина 6,33 сажени (14,5 м), высота с крестом 16,75 сажени (35,7 м). 1 мая 1910 года новый храм заложили, а освятили 31 июля 1911 года.
Торжественное освящение храма Спаса-на-Водах 31 июля (по старому стилю) 1911 года. На нем присутствовал император с дочерьми. Фото: Карл Булла
Архитектор храма-памятника – Мариан Перетяткович, видный теоретик градостроительства, один из крупнейших мастеров неоклассического направления, автор Католического собора (Ковенский пер., 7), дома страхового общества «Саламандра» (Гороховая ул., 4), банкирского дома Вавельберга (Невский пр., 7 / 9), здания Русского торгово-промышленного банка (Большая Морская ул., 15) и других значительных сооружений. Строительными