После оккупации Чехии и Моравии нацистами в марте 1939 года Запотоцкий две недели скрывался у дочери Иржины, пока гестапо настойчиво искало его по домашнему адресу. Потом он тайно перебрался в советское полпредство в Праге, получил советское гражданство и хотел легально выехать вместе с женой в СССР. Но немцы разрешения на выезд не дали, а попытка нелегального перехода границы закончилась арестом Запотоцкого 11 апреля 1939 года: шофер, который вызвался довезти его до границы, оказался агентом гестапо.
С марта 1940 года и до конца войны Запотоцкий находился в концлагере Заксенхаузен под Берлином. Марии разрешили вместе с внучкой навестить мужа в пражском гестапо, и гестаповцы даже позволили Антонину выйти на улицу, чтобы поиграть с ребенком[191]. Перед расставанием Антонин сказал жене, чтобы она ни в коем случае не пыталась заниматься подпольной деятельностью: гестапо постоянно следило за ней и дочерью.
Тем не менее Мария вместе с дочерью была членом нелегальной группы и разносила по Праге листовки и выпуски подпольного «Руде Право». 8 ноября 1941 года обе они были арестованы гестапо. Марию отправили в женский концлагерь Равенсбрюк. В 1941-1945 годах через Равенсбрюк прошли 150 тысяч заключенных, из которых в лагере умерли или были убиты 92 тысячи. Женщины работали каждый день (шили одежду, ремонтировали обувь и т. д.), а питание состояло в основном из брюквы и эрзац-кофе. Но до 1944 года существование Марии было еще сносным, так как чешки жили в одном бараке и активно помогали друг другу. Немцы до поры до времени в это лагерное самоуправление не особо вмешивались.
Но с конца 1944 года немцы построили в лагере новую газовую камеру и стремились уничтожить всех старых или больных узниц, чтобы зря не кормить их. Отбор в газовую камеру эсэсовцы именовали «селекцией». В начале 1945 года на «селекцию» была отобрана и Мария Запотоцкая, но ее спасли и спрятали в другом блоке.
После освобождения лагеря Красной армией 30 апреля 1945 года Мария на обычном грузовике вместе с другими узницами отправилась домой. На чехословацкой границе изможденные женщины с воодушевлением запели «Интернационал». Став в 1953 году президентом, Антонин продолжал вести свой обычный скромный образ жизни, что разительно отличало его от Бенеша, любившего роскошь и знаки внимания. «Рабочий президент» часто ходил без охраны по Праге и лично проверял качество продуктов в овощных или мясных магазинах. Его узнавали, и Запотоцкий с удовольствием общался с людьми, как всегда, со своей фирменной широкой улыбкой на лице.
Один раз он случайно столкнулся в Татрах с советскими туристами, и те немедленно предложили президенту выпить с ними «татранского чая» (так называли местный самогон). Супруга протестовала, но муж с лукавой улыбкой отобрал рюмку… у нее,