Вернувшись домой 12 ноября 1918 года, Запотоцкий немедленно стал агитировать рабочих последовать русскому примеру и взять власть в свои руки. Муж и жена активно участвовали в первых выборах в парламент только что возникшей Чехословацкой республики в 1919 году.
Летом 1920-го Запотоцкий тайно выехал в Москву на второй конгресс Коммунистического интернационала. Там он встретился с Лениным, о чем написал позднее очерк в кладненской рабочей газете «Красная заря».
Между тем семья партийного работника жила очень бедно. Мария пекла лепешки из ячменной муки (на пшеничную денег не хватало) и варила свиную кровь с картошкой. Мужа дома часто не было: он весь ушел с головой в партийную работу.
В декабре 1920 года власти отобрали у рабочих Кладно их Народный дом, в ответ на то, что те объявили всеобщую забастовку и при активном участии Запотоцкого попытались взять власть в Кладно в свои руки. Был образован революционный совет по русскому образцу, и порядок на улицах Кладно поддерживали вооруженные рабочие патрули. Большинство жителей города восторженно приветствовали «рабочую республику Кладно». Запотоцкий предлагал двинуться с оружием на Прагу, но Кладно окружили войска и полиция, подавившие рабочие протесты. Были арестованы более полутора тысяч человек, в том числе и Запотоцкий.
Пока Запотоцкий писал в пражской тюрьме стихи (одно стихотворение он специально посвятил Марии и дочерям), его жена была избрана от Кладно на учредительный съезд КПЧ. Ее мужа (она ласково называла его «Тоником») как одного из вождей кладненского восстания приговорили к 18 месяцам тюремного заключения.
Мария тем временем пыталась спасти дочь Маню, болевшую туберкулезом в открытой форме. Товарищи по партии помогли деньгами, и девочку удалось устроить в санаторий, где ее вылечили.
В 1922 году Запотоцкий вышел из заключения по амнистии и узнал, что его кандидатура предложена на пост генерального секретаря только что возникшей компартии. Но на то, чтобы снять квартиру в Праге, у семьи не было денег, и целых два года Запотоцкий бывал дома только по выходным. Лишь в 1923 году Мария и Антонин переехали в столицу, где жили прямо в штаб-квартире КПЧ (в этом доме была всего одна двухкомнатная квартира для генерального секретаря партии). Антонин, когда у него выдавалось свободное время, охотно помогал жене по хозяйству. На фронте он был, в числе прочего, поваром и неплохо готовил. Еще он сам ходил на рынок за продуктами, причем сохранил эту привычку и на посту президента.
В 1924 году Запотоцкого снова осудили за Кладно на основании нового закона о защите республики, принятого лишь в 1923 (таким образом, закон применили ретроспективно). Вместе с остатком своего первого тюремного срока Антонину предстояло провести за решеткой 15 месяцев. Запотоцкий перешел на нелегальное положение, и компартия выдвинула его кандидатом в депутаты парламента, ведь статус депутата давал иммунитет.