Другим важнейшим органом управления епархией являлась духовная консистория, состоящая из канцелярии и духовного присутствия. Последний вариант устава духовных консисторий был Высочайше утвержден 9 апреля 1883 г. Статья 1 устава гласила: «Духовная консистория есть присутственное место, чрез которое, под непосредственным началом Епархиального Архиерея, производятся управление и духовный суд в поместном пределе Православной Российской Церкви, именуемом епархией»[92]. Члены консистории избирались из архимандритов, игуменов, иеромонахов, протоиереев и иереев, «заслуживающих преимущественное доверие по образованности, опытности, примерному поведению и правдолюбию». По представлению епископа они утверждались Синодом. Так в 1870-х гг. членами Самарской духовной консистории были протоиреи Иоанн Халколиванов, Алексей Кротков, Александр Цареградский, и священник И. Третьяков, а в 1910-х гг. – протоиреи Софотёров (от Спасо-Преображенской церкви), П. Введенский (от кафедрального собора), А. Третьяков (от Вознесенского собора) и священник Покровской церкви А. Ключарев[93].
На заседаниях присутствия рассматривались дела, имевшие важное значение для жизни епархии, серьезные жалобы и обращения духовенства. Велся специальный журнал, где кратко излагались суть вопроса и вердикт членов присутствия по поводу его решения[94]. Епископ не участвовал в прениях в присутствии, но мог затребовать то или иное дело для личного ознакомления. В целом, функция консистории состояла в том, чтобы взять на себя разбор основной массы бумаг, освободив от этого занятия канцелярию епископа, а его самого – от формальной бюрократической рутины. По меткому выражению одного из авторов, «консистория – это фабрика бумаг»[95]. Преосвященный лично знакомился лишь с теми документами (прошедшими уже через консисторию), в которых излагались наиболее серьезные проблемы, волновавшие духовенство. Нередки были случаи, когда епископ, имея дело только с наличными бумагами консистории, не видел и не представлял реальной жизни вверенной ему епархии, особенно при кратковременном пребывании на кафедре.
Текущей документацией занималась консисторская канцелярия, руководимая секретарем, который координировал работу нескольких канцелярских отделов – «столов», возглавлявшихся столоначальниками. Прочий штат канцелярии составляли казначей, регистратор и служащие. Все чиновники консистории являлись светскими лицами в отличие от должностных лиц архиерейского дома.
Секретарь играл в работе консистории ключевую роль. Он назначался Синодом по предложению обер-прокурора, в отличие от прочих канцелярских