В дальнейшем были использованы новые экономические методы регулирования таможенных отношений. Внутренняя структура нового тарифа состояла в том, что товары делились не только по тарифной сетке, но и еще на условные группы. К первой группе относились товары, не производившиеся в России, либо производившиеся в малом количестве. Эта категория облагалась низкой пошлиной либо не облагалась пошлиной вообще. Вторая группа товаров – материалы, ввозимые в Россию для заводов и фабрик, а также товары, производство которых не было отлажено в России. Среди них были и те, что выпускались на местных фабриках и заводах, и достаточно хорошего качества. Эта группа товаров облагалась самой высокой ставкой таможенной пошлины.
В 1782 г. согласно Указу «Об учреждении особой Таможенной пограничной цепи и стражи для отвращения потаенного провоза товаров» в каждой западной пограничной губернии учреждалась таможенная пограничная стража, состоявшая из таможенных объездчиков и пограничных надзирателей в таможнях, которые принимались на службу добровольно, по контракту.
Необходимо было иметь двух объездчиков на каждые 10 и одного таможенного пограничного надзирателя на каждые 50 верст по границе, если объездчик был не в состоянии сам задержать контрабандистов, он должен был преследовать их до ближайшего селения и там обратиться за помощью к местным властям. Таможенным служителям, а также иным лицам, за обнаружение контрабанды, задержание контрабандистов и содействие в этом полагалась награда в виде конфискованного товара за вычетом ввозной пошлины.
Была создана Пограничная казачья стража, положение о которой было утверждено в 1811 году. Перевод пограничников на начала военной организации был осуществлен в 1827 году, когда была создана Таможенная пограничная стража. В соответствии с Карантинным уставом она была переименована в Пограничную стражу. Кроме того, на западной сухопутной границе была создана Корчемная стража.
Таким образом, наряду с фискальной функцией и функцией таможенно-тарифного регулирования, таможня приобретает правоохранительную функцию, которая становится важнейшей в ее деятельности.
В 1810 году был принят новый таможенный тариф. По своей сути он стал запретительным, поскольку отвечал интересам купцов-промышленников и дворян-мануфактуристов. Расширение торговли требовало увеличения количества таможен, а практика организации таможенного дела – совершенствования управления таможенными учреждениями, восстанавливается деятельность Коммерц-коллегии.
В 1802 г. таможенные учреждения оказались в составе Министерства коммерции. В состав Министерства