Структура таможни имела достаточно простую организацию. В штатах таможен имелись целовальники от 10 до 20 человек. На эти должности привлекались служивые люди и черносошные крестьяне. Целовальников так же, как и таможенных голов, избирали посадские люди и уездные крестьяне. После выборов составлялся документ об избрании, который подписывали все участвующие в этом мероприятии, что повышало ответственность избранных и наделяло их правами действовать от имени той части населения, которая выдвинула их на должность таможенника. Целовальники принимали присягу в присутствии воеводы, который, получив соответствующую грамоту из Москвы, отдавал приказ об очередных выборах в таможню.
Воеводы действовали по инструкциям московских приказов, назначали выборы таможенных голов, целовальников и утверждали их в должности; учреждали в волостях новые таможенные заставы и направляли туда целовальников для сбора пошлин; заслушивали финансовые отчеты таможенных голов и целовальников; пресекали любые действия (или бездействие) таможенников, которые могли нанести ущерб казне; преследовали контрабандистов и других нарушителей таможенных правил, применяли против них репрессивные меры; направляли в помощь таможенникам служилых людей для усмирения ослушников и обыскиваемых и др.
Со временем был образован Центральный орган управления таможенным делом – Приказ Большой казны, откуда направлялись распоряжения в таможни и куда поступали все таможенные сборы.
В 1667 году был принят Новоторговый Устав, который устанавливал равное для всех таможенное обложение торговых сделок единой рублевой пошлиной; ликвидировал проезжие сборы; купцам вменялось в обязанность правдиво указывать таможенную стоимость предъявляемых таможне товаров и др. Кроме того был введен принцип национального предпочтения в торговле, в частности иностранцы должны были получать особые высочайшие грамоты или концессии. Товары, переходящие государственную границу, подлежали обложению особыми пошлинами. Данный документ представлял собой взаимодействие налогового, таможенного и бюджетного