Церковь оказалась уникальной не только обликом, но и судьбой. После завершения ее строительства в 1653 году патриарх Никон издал запрет на строительство шатровых храмов, как не отвечавших строгим церковным канонам. По всей России патриарший запрет соблюдался не слишком строго, но в Москве, находившейся под недреманным оком церковного начальства, действовал неукоснительно. На протяжении полутора столетий, когда с легкой руки любимого Николаем I К. А. Тона шатры вновь вошли в обиход храмового строительства, церковь в Путинках оставалась последним шатровым каменным храмом в Москве.
Как и большинство московских храмов, она время от времени претерпевала более или менее существенные изменения. В конце XVII века к храму была пристроена обширная трапезная. Ее приземистый объем с грубоватыми деталями исказил первоначальную композицию. Фасады трапезной, где разместились приделы Никольский и Федора Тирона, переделали в XIX столетии. Особенно много изменений претерпело крыльцо (или крытая паперть). Первоначальное сломали после пожара 1812 года, но выстроенное взамен оказалось столь неудачным, что простояло всего полвека[31]. В 1860 году появилось очередное, третье по счету крыльцо. Автор проекта, довольно известный в те годы архитектор А. С. Никитин, постарался придать пристройке формы, близкие основной части храма[32]. С этой целью он даже водрузил на крыльцо шатер, похожий на шатры самого храма. Композиция вышла не слишком удачной, поэтому и никитинское крыльцо разобрали в ходе реставрации храма, проведенной в 1957 году под руководством Н. Н. Свешникова, и заменили новым, стилизованным под XVII век.
Церковь Рождества Богородицы в Путинках. Фото 1927 г.
Подобно всем московским храмам, церковь Рождества в Путинках обладала обширным участком, на котором располагались дома причта и небольшое кладбище. Но хоронить покойников в черте города запретили, кладбище постепенно запустело, а земля в центре города могла приносить приличную прибыль. Искушение оказалось слишком сильным, и в конце XIX – начале XX века многие церкви с благословения начальства выстроили на своих участках (в буквальном смысле на костях) крупные доходные дома. Не осталось в стороне и духовенство путинковского храма. В 1911 году рядом с церковью появился четырехэтажный жилой дом № 2/1, квартиры которого предназначались для сдачи внаем. Спроектированное не особо талантливым, но пользовавшимся популярностью в церковных кругах архитектором Л. В. Стеженским здание выглядит крайне уныло, особенно на фоне своей прекрасной соседки. Самое неприятное даже не это.