Вплоть до роспуска Антирелигиозной комиссии (АРК) в 1929 г. Тучков ведал в ОГПУ СССР практически всеми «делами» Русской православной церкви (РПЦ), протестантов, мусульман, иудеев. Именно в недрах 6-го отделения в 1927 г. сформировали организационную церковную структуру, в основных чертах сохранившуюся и по сей день.
В столице Тучков вместе с семьей и набожной сестрой поселился в Серафимо-Дивеевском подворье, где сестер-монахинь возглавляла матушка Анфия. Получив отличные апартаменты и бытовые услуги сестер, «главпоп» весьма оригинально благодарил монахинь. Как пишет историк М. Губонин, получив от агентуры сведения о местах предстоящих торжественных богослужений святейшего патриарха Тихона или архиепископа Илариона (Троицкого), которого особенно любили верующие москвичи, монахини безбоязненно направлялись на службу. «Мы уж ему премного благодарны. А то ведь другой-то давно бы уж нас всех разогнал: кого куды, и костей не соберешь», – говаривала матушка Анфия[6].
По слову святителя Иоанна Златоуста, грех раскола церкви не смывается и мученической кровью, ведь церковь – живое тело Христа, и Он же ее Глава. Технологию агентурно-оперативной работы по расколу РПЦ изложил сам Тучков на заседании АРК 31 октября 1922 г.: «Пять месяцев тому назад в основу нашей работы по борьбе с духовенством была поставлена задача – борьба с реакционным тихоновским духовенством и, конечно, в первую очередь с высшими иерархами, как то: митрополитами, архиепископами, епископами и т. д. Для осуществления этой задачи была образована группа, так называемая “ЖИВАЯ ЦЕРКОВЬ”, состоящая преимущественно из белых попов, что дало нам возможность поссорить попов с епископами, примерно как солдат с генералами, ибо между белым и черным духовенством существовала вражда еще задолго до этого времени, так как последнее имело большое преимущество в церкви и ограждало себя канонами от конкуренции белых попов на высшие иерархические посты…»[7]
С осени 1924 г. «игумен» Тучков приступил к подготовке нового дела против патриарха Тихона – создал агентурную разработку по так называемой «Шпионской организации церковников». В начале февраля 1925 г. Тучков арестовал известного церковного историка, профессора И. Попова, которому приписывалось «вхождение в группу», возглавляемую патриархом. Лишь смерть владыки Тихона позволила ему избежать Соловков, регулярно пополняемых клиром РПЦ[8].
Разумеется, основным средством борьбы с церковью была агентура в среде священнослужителей и мирян, хотя в то время отказ от сотрудничества мог стоить весьма дорого. Как докладывал Е. Тучков, по «церковной линии» количество секретных осведомителей («сексотов») с 400 в 1923 г. выросло до 2500 в 1931 г. За полноту влияния на РПЦ Е. Тучкова часто сравнивали с обер-прокурором