В силу присущему советскому периоду истории тотальному контролю и вмешательству госбезопасности в религиозную сферу СССР и Украинской ССР, в частности (от подбора и вербовки монахинь монастырей Украины для перевода в Горненский монастырь близ Иерусалима до слежки за Патриархом Московским и всея Руси на отдыхе в Одессе), документы упомянутых подразделений спецслужб представляют собой исключительно продуктивный исторический источник в сфере изучения прошлого церковно-государственных отношений. Правда, требующий одновременно тщательной источниковедческой и историко-герменевтической экспертизы и критики. Более того, акции спецслужб в религиозной сфере, изменения служебных приоритетов, форм и методов оперативной работы представляют своеобразную квинтэссенцию государственного курса по отношению к религии на определенных этапах истории советского общества.
К сожалению, огромный, представляющий чрезвычайную историко-познавательную ценность массив документов спецслужб в Украине по линии оперативной работы в религиозной среде был уничтожен (исходя из складывавшейся в Украине динамичной общественно-политической и оперативной обстановки) в соответствии с приказом КГБ УССР № 00150 1990 года. Были буквально «зачищены» фонды подразделений, занимавшихся религиозной сферой.
Прежде всего речь идет о документальной базе 5-го Управления КГБ УССР (переименованного в то время в Управление «З» – защиты конституционого строя), его предшественниках в структуре так называемых «секретно-политических» подразделений органов госбезопасности, с начала 1920-х гг. занимавшихся общественной сферой, нелегальными националистическими и национал-демократическими организациями, диссидентами, религиозными конфессиями, областью культуры, интеллигенцией, творческими союзами, неформальными организациями. До нас, к примеру, не дошли:
• 6-томное дело по «церковникам и сектантам» 1942–1945 гг. производства;
• 23-томное литерное дело (1952–1965 гг.) на подполье «Истинно-Православной церкви» и подобные формирования, а также по нелегальной Украинской автокефальной православной церкви;
• литерные дела 2-го Управления МГБ УСССР «Греко-католическое духовенство» и «Греко-католики» (1946–1947 гг.);
• 28 томов дела на «бывшее униатское духовенство» (1950–1965 гг.);
• 16-томное дело по старообрядцам (1954–1962 гг.);
• литерное дело 1952–1961 гг. об «антисоветской деятельности» монашествующих Русской православной церкви;
• несколько многотомных оперативных дел на духовенство украинской Греко-католической и Римско-католической церквей (1947–1973 гг.);
• многотомное дело на духовенство Русской православной церкви;
• многочисленные