В 1588 г. в Москву приехал Константинопольский Патриарх Иеремия. Цель визита была стандартной: представители зарубежной православной церковной иерархии регулярно посещали «Третий Рим» с целью получения «милостыни» – крупных денежных пожалований. Турецкие султаны позволяли подданным-христианам исповедовать свою религию, но за это требовали платить дополнительную подать. И русские государи если не из благочестия, то из соображений престижа ежегодно одаривали приезжих митрополитов, игуменов и прочих представителей восточного духовенства. Но на этот раз Борис Годунов повел совершенно новую игру.
Вступив в переговоры с Патриархом Иеремией, Годунов поинтересовался: нельзя ли учредить патриаршество и в Москве? И сразу получил категорический отказ, поскольку это было против церковной старины. Тогда Борис намекнул, что в случае положительного решения вопроса место Московского Патриарха мог бы занять и сам Иеремия… Константинопольский Патриарх попался в подготовленную Годуновым западню: стать Патриархом в Москве было куда заманчивее, чем жить под властью султана-иноверца. И когда Иеремия выразил согласие на подобный вариант, он был пойман на слове. В итоге, одарив Константинопольского Патриарха богатыми подношениями, Борис Годунов добился от него согласия на учреждение в Москве патриаршества, а первым Патриархом Московским и всея Руси стал митрополит Иов. Его интронизация произошла 26 января 1589 г.
Между тем внимание Бориса Годунова было уже привлечено к делам международным. В Речи Посполитой после смерти старого недруга России, короля Стефана Батория, на протяжении трех лет продолжалась борьба за престол, и к началу 1589 г. победителем из этой борьбы вышел племянник польского короля Сигизмунда II Августа и сын шведского короля Юхана III Сигизмунд III Ваза, для которого нелюбовь к Московскому государству была почти генетической. Его матушку, Екатерину Ягеллонку, неудавшуюся невесту русского царя, Иван Грозный двадцатью годами ранее требовал выдать в Москву, несмотря на ее замужество с Юханом Финляндским и наличие у них трехлетнего ребенка, каковым как раз являлся будущий Сигизмунд III. Для Москвы вырисовывалась неприятная перспектива возобновления союза между Швецией и Речью Посполитой, которыми правили теперь отец (Юхан III Шведский) и сын (Сигизмунд III Польский).
Крепость Ивангород, отвоеванная русскими войсками в 1590 г. у Швеции
Пока этот союз не стал еще реальностью, Борис Годунов принял решение взять реванш за проигранную Ливонскую войну и отвоевать назад русские территории, отошедшие под власть шведской короны. В январе 1590 г. русское войско, во главе которого стоял сам царь Фёдор, выступило в поход. Борис Годунов также участвовал в походе в чине дворового воеводы государева полка, но лавров военачальника не снискал. Город Ям сдался русским войскам без боя, а под стенами Ивангорода