Первое известное нам упоминание о Борисе Годунове в документах датируется 20 сентября 1567 г., когда Иван Грозный с войсками выступил из Москвы к Троице-Сергиеву монастырю, а оттуда в направлении Новгорода, откуда запланировано было вести боевые действия против «государева недруга» – польского короля Сигизмунда II Августа. Вместе с царем в чине стряпчего в походе принял участие пятнадцатилетний Борис Годунов. Из пяти перечисленных в росписи похода стряпчих он записан последним. Чин стряпчего – вполне обычное начало службы для юноши из знатной семьи, каковым и являлся Борис. Из стряпчих прямая дорога лежала в государевы стольники, которые, как и стряпчие, должны были находиться в услужении у государя. Разница между стряпчим и стольником при дворе была скорее возрастная, чем должностная – стряпчими были в большинстве едва начавшие службу молодые новики, в то время как стольники – люди уже более солидного возраста (в силу этого они чаще получали назначения на службу за пределами дворца).
Карьера Бориса Годунова начиналась в годы опричнины, в которую он, как и прочие вяземские вотчинники, должен был попасть вместе со всей своей родней (Вяземский уезд был взят Иваном Грозным в опричнину сразу, в момент ее учреждения в 1565 г.). Годуновы были вотчинниками и в Костромском уезде, который также был взят царем Иваном в опричнину, хотя и несколько позже, в начале 1567 г., примерно за полгода до первого известного нам упоминания о службе Бориса Годунова. Около этого же времени Иван Грозный переехал жить на свой опричный двор в Москве, между Арбатом и Никитской улицей. Надо полагать, что именно там и начиналась придворная служба Бориса Годунова.
Между первым и вторым упоминаниями о Борисе Годунове лежит отрезок времени протяженностью в три года. Чем были заполнены они для молодого опричника, с точностью сказать невозможно. Однако, вероятнее всего, на его глазах, а может быть, и с его участием разворачивались самые кровавые события этого периода: расправа с боярином И. П. Челядниным, митрополитом Филиппом Колычевым, семьей князя Владимира Андреевича Старицкого, новгородский и псковский погромы и, наконец, массовые казни в Москве летом 1570 г. Вряд ли мы можем согласиться с мнением некоторых исследователей о том, что Борис Годунов «не замарался» службой в опричнине: сложно было подниматься наверх на глазах у лютующего царя, не испачкав рук кровью. Как вообще трудно поверить в то, что опричник мог оставаться в стороне от казней, в которых были задействованы его «братья по опричному монашескому ордену». Тем более что именно в эти годы стремительно упрочивались позиции будущего тестя Бориса Годунова, «опричного пономаря»