Род Годуновых происходил от древнего и некогда знатного боярского корня. Предки будущего царя были боярами в Костромском княжестве, имевшем во второй половине XIII – начале XIV в. весьма сложную и бурную политическую историю. Кострома с прилежащими к ней землями несколько раз переходила из рук в руки, доставаясь поочередно представителям разных ветвей рода князя Всеволода Большое Гнездо. В 1304 г. костромским князем был провозглашен сын московского князя Даниила Александровича, Борис Данилович. Однако в том же году князь Борис был захвачен в плен сторонниками тверских князей, соперничавших с Москвой. Этот переворот вызвал столкновение между костромским вече и сторонниками Твери, в результате которого были убиты несколько бояр, в том числе боярин Александр Зерно, считающийся основателем известных впоследствии боярских родов Вельяминовых-Зерновых, Сабуровых и Годуновых. Надо полагать, Александр Зерно был в числе костромских сторонников тверских князей. Его потомки, Годуновы, продолжали владеть вотчинами под Костромой и через 300 лет после гибели основателя их рода.
Сын боярина Александра, Дмитрий Зерно, оказался на службе московских князей приблизительно через четверть века после гибели отца. В 1328 г. московский князь Иван Данилович Калита получил ярлык на половину Великого княжества Владимирского, в которую входила Кострома. Надо думать, тогда и началась служба боярина Дмитрия Зерна, а затем и его потомков московским государям. Его внук Иван Иванович получил прозвище Годун (значение которого толкуют по-разному: то ли «угодный», «желанный», то ли «глупый»). Именно от него и пошла фамилия Годуновых.
Впрочем, родословная легенда Годуновых в качестве основателя фамилии называла золотоордынского мурзу Чета, выехавшего на службу к Ивану Калите около 1330 г. Именно поэтому Пушкин в трагедии «Борис Годунов» упоминает о татарском происхождении своего героя – «Вчерашний раб, татарин, зять Малюты…». Исследователи полагают, что легенда о татарском мурзе Чете возникла лишь в последней четверти XVI в. (именно тогда, когда началось стремительное возвышение Годуновых). Зачем же Годуновым понадобилось «сочинять» себе татарского предка, если их настоящие костромские корни уходили в более древние времена? Вероятно, причина была в особенностях местнических счетов между московскими боярскими родами. Семейства, которые не служили никаким другим князьям, кроме московских, в иерархии местнических счетов стояли выше родов, которые до перехода на службу в Москву были слугами других князей. Версия родословной легенды, производившая Годуновых от мурзы Чета, делала эту семью исконными слугами московских князей, тогда как родословие, ведущееся от боярина Александра Зерна, указывало на службу предков Годуновых костромским и, возможно, тверским князьям. Поэтому вымышленный